1. 这个包可以做什么
包内有可以在Windows XP下直接运行的LAMMPS程序,让你可以在Windows下使用LAMMPS。
2. 包里有什么
lammpsVs.exe : LAMMPS 2009年7月7日版本
mpich2.dll, mpich2mpi.dll : 用于运行LAMMPS的动态库,必需与lammpsVs.exe在同一目录下。
in.melt : LAMMPS自带的一个算例
readme.txt : 相关说明
3. 对系统有什么要求
(1) .NET Framework (至少2.0版本,一般Windows都自带,有没有运行一下lammpsVs.exe就知道,如果没
有请到网上下载安装)
(2) Windows XP 系统,其它还不知道,待测
4. 怎么使用
(1) 把你的LAMMPS命令流文件(如 in.melt)放到与lammpsVs.exe相同的目录下,双击lammpsVs.exe,出
现Dos窗口后,输入:jump in.melt 回车(注意空格),它就开始计算了。
说明(前提是你知道in.melt文件是什么,不知道的话请看LAMMPS文档):
a. 所有目录和文件名请用英文且无空格。
b. "jump in.melt" 命令是指让LAMMPS开始读你的命令流文件"in.melt"。
c. 如果不想在lammpsVs.exe所在的目录下进行计算,请看明白LAMMPS的“shell cd ”命令
(2) 输出的构型文件可以用VMD看。
5. 为什么发布
a. 希望可以给那些想用LAMMPS而又不想去装Linux的朋友提供点方便,有不足之处欢迎批评。
b. 刚加入分子模拟论坛向大家学习Materials Studio,正是那个版的高手们的帮助,让个人觉得也许也可以向大家提供点什么。
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如果你只是想用一下LAMMPS就可以了,而不想要去改代码,下面的废话可以不用看了(),
多花点时间看LAMMPS手册,GOOD LUCK。
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6. 关于编译
a. 这个版本是以LAMMPS主页上下载的源代码(7 Jul 2009 version of LAMMPS)进行编译的,没有修改其源代
码,所以计算功能上没有限制。
b. 源代码在Visual C++ 2005下编译的,所以要用到.NET Framework。(之所以不用Dev C++和
Codeblocks编译是因为它们的调试功能不好用,而Visual C++6.0又要稍改动一下源代码和设置太多的编译参数。)
c. 源代码中包含了MPI函数,所以编译时使用了MPI库(MPICH2)。这也使得它可以在单机上用多线程模拟多CPU计算(计算速度会快
一些,但也取决于你的问题类型和CPU核数),要这样算的话,请安装MpiCH2,并用相关工具进行计算。
d. 编译时没有采用FFTW库,所以多极算法不能用,相关问题见LAMMPS手册。
7. 关于LAMMPS
a. LAMMPS的介绍见 http://lammps.sandia.gov/
b. 个人认为,如果你想在现有的MD开源软件中加入自己的模块,或开发自己的并行分子模拟程序(不限于MD),你可以考虑一下以LAMMPS
为基础,因为它是用C++开发的,其整体设计和内部模块的扩展性都做得相当不错。
lammpsVs.part1.rar (400 KB)
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4 天前 03:17 PM