关于安装lammps单机并行版最终过程（ubuntu）！
lammp...@gmail.com
每次在论坛上得到各位高手的指点，真的是感激不尽！
下面是本人结合各位高手的结果和本人的体会，给出单机并行版的安装最终过程，已报答论坛的帮助，希望各位拍砖！
切换到根目录（root）
sudo -s
-安装fftw
1下载源码包fftw-2.1.5.tar.gz，解压 tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
2 cd fftw-2.1.5.
3 ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu --enable-float
其它选项:
4 make
5 make install
二安装mpich
1下载mpich.tar.gz
2 cd mpich-1.2.7**
3 ./configure --prefix=/opt/mpich-gnu
4 make
5 make install
三 编辑/etc/hosts.equiv文件，在其中加入本机主机名（用hostname可以得到），单独一行！
前三步都在root下进行。
下面的步骤都在自己的用户中进行
四 安装lammps
1 tar xvzf lammps.tar.gz
2 cd lammps**
3 cd src
4 vim MAKE/Makefile.g++
修改mpich的安装路径
修改fftw的安装路径
（每个都有两处，include前面和lib前面的部分）
# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTW
SHELL = /bin/sh
# System-specific settings
CC = g++
CCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -
DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw215-gnu/include -I/opt/mpich-
gnu/include
DEPFLAGS = -M
LINK = g++ -L/opt/mathlib/fftw215-gnu/lib -L/opt/mpich-
gnu/lib
LINKFLAGS = -g -O
USRLIB = -lfftw -lmpich
SYSLIB = -lpthread
ARCHIVE = ar
ARFLAGS = -rc
SIZE = size
# Link target
$(EXE): $(OBJ)
$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)
$(SIZE) $(EXE)
# Library target
lib: $(OBJ)
$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
# Compilation rules
%.o:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) -c $<
%.d:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $@
# Individual dependencies
DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
include $(DEPENDS)
5 make g++ (在src目录下)
生成lmp_g++
四 运行lammps
1 cd ../bench
2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np 16 ../src/lmp_g++ <in.chain
Zheng Wang
由于是单机并行，加入节点的关系不大，
另外，如果是采用的mpich2，
那么还有一步必须要做的：
vi /etc/mpd.conf
在其中输入secretword=你的root密码
然后:wq
再更改权限为限root用户读写，
其他用户权限全部取消，
这样就可以root用户并行运算。
另外还需要把mpdboot加入到开机启动的服务中。
还有，编译lammps建议采用intel 的编译器。