LAMMPS2forum

Lattice command may be helpful. 2010-01-27 -------- Regards. ----------------------------------------

This is just a test message Delete it pls

我想计算金属和石墨的剪切。in文件是 units metal dimension 3 atom_style atomic boundary sss neighbor 0.3 bin

点击 http://groups.google.com/group/lammps2forum/web/%E4%B8%AD%E5%9B%BD%E6%95%99%E8%82%B2%E7%95%8C%E4%

Click on http://groups.google.com/group/lammps2forum/web/%E6%AC%A2%E8%BF%8E%E8%BD%AC%E8%BD%BD%E5%85%

一般NPT是用来平衡体系，得到平均的box size，之后用NVT或者NVE来得到自己需要的数据。这样作的原因是尽量减少barostat或者thermostat对系统的影响。有些性质还只能在NVE的结果

General remarks: 1) If simulations are performed under PBCs the trajectory must be properly unfolded

恩～算来从学习MD到现在已经有将近３年了，Amber, Gromacs, NAMD这三个软件也用了不少！有一些小小的感受吧，随便说说～ 只针对大分子蛋白质的模拟，纯分子力学，来讲： Amber最好学，最

Hello, could you explain my the secret of choosing to time step for md integrator? I want to perform

LAMMPS 的 Windows 版本 (原创 by xpgo) 1. 这个包可以做什么 包内有可以在Windows XP下直接运行的LAMMPS程序，让你可以在Windows下使用LAMMPS。 2.

请到www.mdbbs.org的基础积累区查找相关讨论贴 2009/7/19 mohammad <daneh...@gmail.com> hi how determine Tdamp

抱歉，我学lammps不到一个月，你问的问题超出我的了解范围了。 2009/6/4 刘佳 <sweet...@gmail.com> 你去网上搜一下 好多都有转换的标准的。 2009/4/

不好意思，我是初学者，不知道问题出在哪！ 在2009-03-17，sweetivy <sweet...@gmail.com> 写道： > >我将薄膜的左端固定，右端施加一个x

对于第2步和第3步我做一下补充， 由于是单机并行，加入节点的关系不大， 另外，如果是采用的mpich2， 那么还有一步必须要做的： vi /etc/mpd.conf 在其中输入secretword=你的

大家知道fix deform command 是用来改变体系形状从而模拟非平衡动力学的，它可以通过多种方法产生非平衡行为。我下面不谈动力学，而是用这个命令谈谈关于建模的用处。 我常用它来设置体系的密度【

lammps学习指南原帖地址 ：http://202.38.64.10/~wfc/lammps.htm 温馨提示： (1)点击标题可直接到相关的“章节”。 (2)为避免混淆，上面的各“章”，在本文中用“

如果我们给随机的初始条件，那么原子重叠是不可避免的。模拟的开始必须把重叠原子push开，否则模拟就无法进行了。这和能量最小化有区别，因为推开不一定能量就最小了。 如何把原子推开呢，LAMMPS里大概有

我的系统是安装在D盘，快速傅里叶变换包安装在 D:\cygwin\fftw 下，我用的编译器是系统自己带的g++. 我只贴出需要修改的部分，你把这部分直接贴到MAKE文件夹下的任意一个makefile

fix setforce是把所有计算所得的力【注意是计算力以后】置为0，来实现其功能的fix nve nve/noforce 含有nve的更新位置和速度的命令可以和fix setforce一起使用【如果

解读命令系列【2】【velocity command 】 【提醒：命令使用时一定一定要注意他们的默认设置，否则错了你都找不到北】 velocity command 是一个常用的命令，除非你再read.

lammps 1.2和1.3节翻译1.2 LAMMPS features 这部分集锦了LAMMPS的特征，各个具体的命令在后面的命令部分有详细说明。如果LAMMPS没有你要用的原子势或边界条件或原子类型

解读命令系列【3】【 fix ave/spatial command】 fix ave/spatial command 是做非平衡问题常用的命令，他可以把模拟盒子切成N片，在每一片中提取信息，这对空间不

解读命令系列【4】【fix langevin command 】 首先谈谈Langevin thermostat，使用此命令前建议学习一下这方面的理论知识Langevin thermostat的使用是

各位老师 学长: 真诚请教大家两个关于NPT系综的问题： 1，NPT系综体积不断变化，导致模拟的盒子边长也发生变化，我想施加三个方向的周期性边界条件，在平衡过程中，是不是每一步积分都要改变周期性边界条件

响应redream版主的号召，简单的说几句自从我知道这世上还有LAMMPS这般好东西，想来也有一年半了。这一年半的时间，除了自己硬肯手册，多是各位网友的帮助，好生感激。以前也写过一个新手的学习指南，承蒙

解读命令系列【1】【fix nve/limit command】 这个命令是设置初始状态常用命令，经典命令格式【fix 1 all nve/limit 0.1】，我们一般直接用即可【LJ单位下】，注意此

无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据【data】，然后分析这些数据，从而提取出相关的信息【MAYBE新的发现】，那么数据的输出是必然的一道程序，下面谈谈LAMMPS软件是如何输出data。

Minimize命令使用格式： minimize（命令名） tolerance（误差限） maxiter （ ）maxeval（ ） 说明：tolerance ＝ stopping tolerance

说说边界条件忘了在哪本分子模拟的书上看到然后作下的笔记： 1.自由边界(即lammps中的s)：常用于大型的自由分子的模拟2.固定边界(f)：在所有要计算到的粒子晶胞之外再包上几层结构相同的位置不变的

LAMMPS版内公告索引【新手必看】 此索引贴是为了方便大家熟悉论坛，积极参加版内活动。 希望没有浏览过以下网页的同学最好浏览一下，防止因为不熟悉论坛而浪费自己的时间熟悉论坛：【熟悉环境，方便自己】 1