Ciao, premetto che non ho una vastissima esperienza nell'uso di Java
Server Faces (ho utilizzato questo framework solo recentemente per un
progetto di tirocinio) ma credo di poterti dire che non ci sono
problemi nell'utilizzare codice javascript all'interno di una pagina
jsp che faccia uso di tag-libraries jsf.
Alcuni dei componenti di jsf consentono di associare direttamente del
codice javascript a delle loro proprietà (ad esempio onClick e simili)
e se intendi inserire dello script javascript esterno a tali
componenti non penso che ciò influisca sensibilmente con il ciclo di
vita (alquanto complesso a dirla tutta) relativo alla pagina in jsf
(sempre che tu non voglia gestire nello script valori inseriti
dall'utente certo..).
Considera inoltre come esempio concreto che molti componenti jsf (come
l' inputCalendar fornito nel package Tomawhk da Apache) implementano
alcune delle loro funzionalità grazie a codice javascript nascosto al
programmatore (ad esempio per la generazione di popup).
Spero di esserti stato utile,
per qualsiasi chiarimento in merito sono a tua disposizione.
Giulio