My two cents:
Prima di adottare iText assicurati di non avere problemi di licenze (le ultime versioni di iText sono AGPL) – in caso puoi vedere se prenderne una versione risalente a quando usavano la LGPL.
L'unica alternativa "seria" (e open source – ovviamente altrimenti puoi valutare il PDFJT "ufficiale") che io conosca è Apache PDFBox, ma l'ultima volta che ci ho guardato (tanto tempo fa) non è che fosse una libreria particolarmente rifinita...
Sia iText che PDFBox hanno API abbastanza di basso livello (ie: ci vuole un bel po' di codice per fare cose anche relativamente semplici).
A seconda di cosa devi fare (onestamente non ho tanto capito) potresti valutare se generare il pdf con altri mezzi (eg: flying saucer stampa html+css in pdf) e poi aprire il documento così generato con iText/PDFBox per aggiungere il javascript che ti serve.
Disclaimer: non so se sia effettivamente una buona idea... te la sto solo buttando lì :)
(BTW: iText il supporto per javascript ce l'ha – PDFBox non saprei ma immagino di sì).
PS:
Se ti capita di indagare PDFBox, potresti postare le tue impressioni?
Personalmente è un po' che vorrei riguardarlo, ma non ne ho avuto modo...