Wissenschaftliche Bildverarbeitung mit Java
Johannes Schindelin
ich wuerde Euch gerne heute ein Projekt vorstellen, was seit zweieinhalb
Jahren massgeblich in Dresden am Max-Planck Institut fuer molekulare
Zellbiologie und Genetik vorangetrieben wird: Fiji (http://fiji.sc/).
Es handelt sich hierum um eine Distribution der Software ImageJ (bald
ImageJ2), die sich hauptsaechlich um Fragestellungen in Biologie und
Genetik, aber auch aehnlich gelagerte Probleme z.B. in der Astronomie und
Materialwissenschaft dreht.
Die Hauptunterschiede zwischen wissenschaftlier und
nicht-wissenschaftlicher Bildverarbeitun sind (mindestens):
- wir arbeiten hauptsaechlich mit Spektrogrammen, d.h. Farbraeume und
Gamma-Kurven spielen keine Rolle, die Pixel-Werte sind linear,
- die Hauptaufgabe fuer uns ist Quantifizierung, keine schoenen Bildchen,
- wir haben es ueblicherweise mit hohem (und nicht-Gauss'schem) Rauschen
zu tun,
- die Datenmengen, die wir verarbeiten sind nicht im Megabyte-Bereich,
sondern im Terabyte-Bereich (konkret: eine Arbeitsgruppe am MPI-CBG
plant, im kommenden Jahr 150 Terabyte zu archivieren -- das sind nur die
gelungenen Aufnahmen!).
- am Anfang steht meist eine Hypothese und am Ende eine Statistik, die
diese Hypothese be- oder widerlegt.
Selbstverstaendlich ist Fiji zum allergroessten Teil in Java geschrieben,
allerdings sind auch die Script-Sprachen Clojure, Jython, JRuby,
Javascript und Beanshell integriert, mit einem recht huebschen (okay,
okay, ich bin da nicht ganz objektiv :-) Editor, der Entwicklung direkt
in Fiji zulaesst.
Ich bin noch bis Ende August Leiter der Bildverarbeitung im MPI-CBG und
etwas zerknirscht, dass ich erst zum Ende meiner Dresdner Zeit vom JUG
Saxony gehoert habe. Aber vielleicht koennen wir ja die letzten drei
Monate nutzen, um intensiven Kontakt herzustellen?
Ciao,
Johannes