To vendo q vc ta meio perdido, se não for isso me desculpe mas é que eu tambem fiquei bastante perdido quando começei.
Basicamente existem 2 tipos de boletos, os registrados e os nao registrados.
Os nao registrados voce simplesmente imprime o boleto pro cara, e quando o cara vai pagar o dinheiro cai na sua conta. O banco nem fica sabendo que voce emitiu o boleto. Só fica sabendo mesmo quando o cara vai pagar.
Já o registrado, voce faz o boleto nromalmente, imprime e da pro cara. No fim do dia, voce vai gerar um arquivo de texto(chamamos de arquivo remessa) que contem as informações do boleto gerado. Aí o seu cliente entra no site do banco e faz o upload desse arquivo (um processo vergonhoso pra quem ja trabalhou com webservice). No dia seguinte o cara entra no site do banco de novo e baixa um arquivo (outro arquivo de texto vergonhoso) pra importar no seu erp. Nesse arquivo vai dizer se o banco aceitou o boleto. Se o cara ja tiver pago, ja vai vir o valor pago, multas, descontos e etc.
O que o JRimum se propoe a fazer é a impressão do boleto, que é uma baita mão na roda. Se o seu cliente quiser fazer boleto registrado, voce vai ter que ler o manual de geração do arquivo remessa do banco do cliente. Não existe padrão, ou seja, se vc tem 10 clientes e cada um usa um banco diferente, e todos querem fazer boleto registrado, tu vai ter que ler 10 manuais diferentes pra implementar no seu sistema.