Bom dia Maurício.
Você já tentou colocar o dígito como zero? Não faz diferença pro cálculo.
Na exibição (PDF), se vc não quiser que apareça a agência com o dígito, basta sobrescrever o campo do PDF usando o método addTextosExtras de Boleto.
Exemplo:
//Não utiliza o método getDigitoVerificador(), apenas o getCodigo()
boleto.addTextosExtras("txtRsAgenciaCodigoCedente", agenciaCedente.getCodigo());
O txtRsAgenciaCodigoCedente é campo para agência no Recibo do Sacado. Para a finha financeira seria txtFcAgenciaCodigoCedente
Vê aí se dá certo isso... valeu
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Rômulo Augusto
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