Hola Wilmer.
No debes colocar nada en ->confirmation ya que la confirmacion la va a hacer el dialogo que estas creando.
Quedaria asi:
echo YsJQuery::newInstance()
->onClick()
->in('#'.$lista['id'])
->execute(
YsUIDialog::build('#dialogId')
->_modal(true)
->_width(670)
->_height(500)
->_buttons(array(
'Ok' => new YsJsFunction('eliminarRegistro("' . $lista['id'] . '")'),
'Close' => new YsJsFunction(YsUIDialog::close('this'))))
);
La idea aqui es que donde dice 'eliminarRegistro" hagas el llamado a la funcion en javascript con ese mismo nombre:
<script type="text/javascript">
function eliminarRegistro(id){
alert('Registro con el id ' + id + 'eliminado');
}
</script>
En esta funcion coloque solo un alert con un mensaje y le pase el id que estas manejando ($lista['id']) ... te toca a ti mandar a eliminar el registro al servidor ya sea haciendo submit a un formulario o via una llamada ajax.
Saludos.