Tentar explicar melhor e dar uma atualizada no que eu já consegui!
Eu estou utilizando o método load() para chamar e carregar os conteudos na minha página principal, sem ter que fazer o refresh de tudo. Beleza está funcionando.
O problema se encontra nas páginas aonde existem scripts que precisam ser executados ao carregar a página, como eu disse antes com o método windows.onload. Estava tendo esse problema, consegui resolver da seguinte forma, invéz de colocar o método windows.onload eu simplesmente tirei ele de dentro da função e deixei ele como se fosse "global" ai passou a funcionar corretamente!
Fiz uns teste e parece estar funcionando, meu medo é ocorrer aqueles problemas de o script executar e dar erro devido a página não ter sido carregada por completo!
Por enquanto foi a única solução que encontrei!
Essa outra forma de chamar uma função depois do load eu já tinha visto, talvez seja a solução, ai teria que para cada load criar uma função específica para a página! Só tirando uma dúvida, essa função depois do load só seria executada quando o conteudo já estivesse carregado, ou seja, síncrona?
Abraços e valeu pela ajuda!