Hola, se pueden instalar tantas plantillas como necesite en tu sitio web, hablándolas o deshabilitándolas por opciones de los menús que tengas creados. Por ejemplo, yo tenía un sitio que principalmente manejaba un frame de Yoojoomla y luego utilicé otra plantilla para una trivia que el cliente quería pero que no se adaptaba a la plantilla del sitio principal.
La habilitación de las plantillas se efectúa mediante la selección de las opciones de los menús que hayas creado.
Espero esta información te sirva.
Saludos, Santos.