スライス結果のプレビュー機能があることに気付きませんでした。ありがとうございます!
添付画像はサンプルのボルトをスライスしてみたところですが、各レイヤーのシェルの最後には、やはりギャップがありました。これが通常なのかどうかは不明。
オブジェクト間で糸を引いてるラインは"Show Travel Moves"で表示したものと同一なので、フィラメントの吐き出しがきちんと止まらずに動いたものだと推測されます。
別のスライサー(Simplify3D)を試すなど実験していたところ、他の要因も浮上してきました。
Simplify3Dで作った.makerbotファイルを、Mac / MakerBot Desktop - WiFi - Replicatorで送信してプリントしたところ、ほぼ全く問題なく出力できていたのですが、ある時同じような現象が再発したので、純粋にスライサーの問題でもないようです。
代わりに分かってきたことは、
1. SmartExtruderの上下動のタイミングがおかしく、一度ギャップが出たり糸を引いたりした時でも、一時停止・再開をすると現象は収まるようだ。
2. MakerBot Desktopからの出力でも、データを送信したあとアプリケーションを閉じてしまうと、失敗はおきにくい。
ということで、まだ完全解明とはいかないのですが、予想としては、
1. SmartExtruderのXY移動と上下の移動(とフィラメント吐き出し)は別のタイミングで制御されていて、
2. プリント中にMakerBot Desktopとの間で通信を行う際、あるいは何か別の要因によって、XYと上下のタイミングの同期が崩れる
のではないかと考えています。
とりあえずデータ送信後にMakerBot Desktopを閉じてしまえば、ほとんどの場合でうまく出力できているようには見えるので、一旦様子を見ます。