Jenkins は 1.651.3 で、Pipeline:Multibranch は 2.8 を利用しています。
Will not remove branches/hoge as it is only #1 in the list
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同様に trunk に対して Jenkinsfile を追加して、ジョブ認識後に Jenkinsfile を削除すると、ジョブは消えました。
どなたか Subversion + Multibranch で同様の問題を対処された方はいらっしゃいませんか。