Muchas gracias caballeros, efectivamente estaba investigando acerca de wsdl4j, vamos a ver como me va con ello. Federico, axis lo estoy utilizando pero para ejecutar dinamicamente un web service (para eso requería conocer los parametros de entrada de los metodos que expone el wsdl).
Si tienen alguna otra opinion es bienvenida, por lo pronto seguiré intentando con wsdl4j.