Efectivamente la virtual machine de Sun para linux por lo menos, que es la
que tuve que configurar este fin de semana, toma el huso horario de su
propia definición de zonas. Por más que actualicé la zona horaria del SO no
funcionaba.
Hay para actualizar la definición de zonas un programa que se llama
tzupdater, y el link es este:
http://java.sun.com/javase/tzupdater_README.html
De todos modos te cuento que yo lo corrí el domingo a la tarde y no funcionó
tampoco (No investigué mucho por que no funcionaba, por lo que te sugeriría
empezar por ahí, y después forzar el parámetro). Como lo que a mi me
importaba era que funcionase la zona horaria en un Tomcat, me bastó agregar
a los parámetros -Duser.timezone=GMT-2.
Saludos.
Pablo.