Hola,
Coincido con Santiago. En su momento me tocó migrar un programa AS400 a java y realizamos una reingenieria del sistema, la unica limitación que teniamos era seguir usando el as400 como db, pero por arriba desculamos como funcionaban los algoritmos medios raros en RPG y los desarrollamos en java y el tema de UI vimos como era el programa AS y hablando con el programador que lo mantenia y algunos usuarios volvimos a levantar las especificaciones y funcionalidades y lo desarrollamos de cero, en ese entonces usamos Struts 1.1 y mapeamos el as400 con hibernate 3.2
Creo que ese es tu camino, como te dijo otro colega deberias realizar (al menos esbozar) los
CU y luego realizar un diseño, DC diseños de UI etc, y luego desarrollar.
Suerte!!
Saludos
Julio