Bueno después de tanta discusión sobre el asunto, me dió por darle un vistazo al codigo del JDK en SimpleDateFormat y la verdad que no encuentro que en ninguna parte del código donde utiliza lenient, en mi opinión la implementación de SimpleDateFormat simplemente ignora esta propiedad :S, revise mas el tema y no encontré bugs al respecto asi que 2 cosas:
1. Quitate el problema de encima utilizando JodaTime, que de cualquier forma es algo que te va a quitar mas dolores de cabeza si estas utilizando fechas :). este código funciona y el formateador es thread safe.
DateTimeFormatter formatter = DateTimeFormat.forPattern("dd/MM/yyyy");
DateTime dateTime = formatter.parseDateTime("10/12/2a9a");
Date date = dateTime.toDate(); //nunca porque la l'inea anterior arroja exception
2. En los comentarios de esta pagina
http://www.magpiebrain.com/blog/2004/05/17/beware-using-dateformat-for-input-validation/ alguién colocó una solución por si no puedes utilizar JodaTime. Lo raro es que el que escribió el post dice que lo solucionó con setLenient !! :S !!
Suerte.
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David Castañeda R.