O sistema trabalha criando um wrapper sobre o aplicativo JavaFX; composto por código e recursos do aplicativo, cópias próprias dos runtimes do Java e do JavaFX, um inicializador d aplicativo nativo para o sistema e qualquer metadado necessário. O wrapper é criado pela ferramenta javafxpackager que, por padrão, tenta construir pacotes nativos do aplicativo que é fornecido. Alguns pacotes de instalação nativa precisarão que alguns módulos de terceiros estejam instalados, e disponíveis, para que se sejam criados.
Os pacotes de instalação nativos devem ser criados na plataforma alvo em que desejam executar o aplicativo; assim, desenvolvedores interessados em criar pacotes multiplataforma devem executar o empacotador no Windows, Mac OS X e Linux. Outra desvantagem é a inclusão dos runtimes Java, que aumentam consideravelmente o tamanho final dos pacotes e exige que os desenvolvedores mantenham esses runtimes atualizados. No lado positivo, esse empacotamento nativo vai permitir a instalação em sistemas sem a necessidade de qualquer direito de administrator e os usuários não precisarão se preocupar com problemas de compatibilidade entre o aplicativo e sua versão Java instalada. O aplicativo também é exibido sob seu próprio nome, e não como mais um processo Java.
O suporte a esse empacotamento já faz parte da prévia de desenvolvimento do Java 7 Update 6 build 14, e estará presente nas versões posteriores. Não existem planos para tornar obsoletos os outros mecanismos de distribuição de aplicativos Java. A equipe do JavaFX também espera que a tecnologia de empacotamento nativo também esteja disponível para futuros aplicativos Java SE, criados com o Swing ou o AWT para oferecer um sistema completo e alternativo de instalação. A Oracle está em processo de abertura do código do JavaFX para versões futuras do Java SE.
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