Desculpem por reviver esse tópico 6 anos depois, mas eu estive passando pelo mesmo problema. Eu fazia as modificações no layout do meu arquivo jrxml, compilava para gerar o arquivo jasper, e nada. Nem mesmo fazendo o relatório do zero e compilando dava certo. Revirei o Google de cima a baixo, em vários fóruns, até em fóruns gringos, e não achei nenhuma solução.
Enfim, depois de longos 4 dias de tentativas falhas, encontrei a solução por conta própria (já que não encontrei em nenhum outro lugar), que pelo menos para mim, resolveu.
Hoje, eu uso o NetBeans 8.2 e o plugin do iReport na versão 5.6.0. Notei que na biblioteca do meu projeto, o meu jar do jasperreports estava na versão 5.0.0. Então eu o removi e adicionei o jar do jasperreports na mesma versão do meu plugin (5.6.0).
Dessa forma, compilei meu projeto e meu relatório, e testei, porém ainda não havia funcionado, mas só precisei remover outro jar que eu tinha na minha biblioteca do projeto, o jar do log4j na versão 1.2.15, pois parece que essa biblioteca já vem inclusa na versão 5.6.0 do jar do jasperreports.
Enfim, essa foi a solução que salvou meu dia. Estou postando aqui para que fique registrado, pois eu não havia encontrado nenhuma solução que resolvesse (ou talvez a solução não foi postada).
E espero que ajude quem passar ou estiver passando por esse mesmo problema.
Obrigado.