「8.4. データ前処理」に関するエラー?の報告

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fu...@bj8.so-net.ne.jp

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Jan 26, 2019, 10:24:26 PM1/26/19
to japan medical AI
いつもお世話になっております。

「メディカルAI専門コース
 8. 実践編: ディープラーニングを使ったモニタリングデータの時系列解析
 8.4. データ前処理」

に取り組んだところ、次のようなことが起きましたので報告いたします。
ただし、少し事情がありましてGoogleColab上ではまだ作業しておらず、通常のPC上に
Ubuntu 18.04-1(日本語版)をインストールし最新にUpdateしたものを使用して
おります。Pythonのバージョンを確認したところ

Python 2.7.15rc1 (default, Nov 12 2018, 14:31:15)

でした。環境構築は「8.1.環境構築」に従い行っています。ただし、Chainer関係は
まだインストールしておりません。ソースコードはGoogleColabを使ってない関係で
「8. 実践編: ディープラーニングを使ったモニタリングデータの時系列解析」の
www頁に記載されているものをコピーして使っています。

「8.3. 使用するデータセット」に記載の作業は問題なく終了し、データが
「./dataset/download/」に格納されてることが確認できました。
「8.4. データ前処理」に記載の作業を行ったところ、次のようなメッセージが
表示され、処理が進まなくなるようです。

(Pdb) l
129                      signal = self._normalize_signal(signal)
130                  X, y = self._segment_data(signal, symbols, positions)
131                  Xs.append(X)
132                  ys.append(y)
133                 import pdb;pdb.set_trace()
134  ->            os.makedirs(save_dir, exist_ok=True)
135              np.save(os.path.join(save_dir, "X.npy"), np.vstack(Xs))
136              np.save(os.path.join(save_dir, "y.npy"), np.concatenate(ys))
137     
138     
139      import pdb;pdb.set_trace()
(Pdb) n
TypeError: "makedirs() got an unexpected keyword argument 'exist_ok'"
> /home/fuja/proj/MedicalAI-8th/medicalAI_8th_2_PreProc.py(113)preprocess_dataset()
-> self._preprocess_dataset_core(self.train_record_list, "train", normalize)
(Pdb) n

私自身は、
「os.makedirs(save_dir, exist_ok=True)」をコメントアウト
「./dataset/preprocessed/」フォルダを手作業で追加
「./dataset/preprocessed/train/」フォルダを手作業で追加
「./dataset/preprocessed/test/」フォルダを手作業で追加
で上記のメッセージ表示を回避し、作業を続けることにしました。

おそらく本質的な部分ではなさそうなのと、私の環境の方で何かのバージョン違いの可能性も
あるので、迷いましたが念の為にお知らせいたします。

以上、よろしくお願いいたします。

sug...@gmail.com

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Jan 28, 2019, 1:26:06 AM1/28/19
to japan medical AI
ご報告ありがとうございます.

エラーの原因ですが,Python2.7を使用していることによるものと思われます.
 `os.makedirs()` 関数の引数として `exist_ok` が追加されたのはPython3.2以降となります.

本講義資料は,Google Colaboratory (PC版Chrome と Firefox 上)では動作検証を行っておりますが,その他の環境においても動作を保証するものでは御座いません.
ご不便をおかけしますが,何卒ご容赦頂けますようお願い申し上げます.


2019年1月27日日曜日 12時24分26秒 UTC+9 fu...@bj8.so-net.ne.jp:

fu...@bj8.so-net.ne.jp

unread,
Feb 2, 2019, 6:05:09 AM2/2/19
to japan medical AI
お世話になっております。
やはりバージョン違いでしたか。納得いたしました。
ご対応、ありがとうございました。

fu...@bj8.so-net.ne.jp

unread,
Feb 2, 2019, 6:07:20 AM2/2/19
to japan medical AI


2019年2月2日土曜日 20時05分09秒 UTC+9 fu...@bj8.so-net.ne.jp:
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