problem running demo data

[Alejandra Cervera]

Hi,

I have just installed jaffa on my computer and also built the docker image with it, but I have not been able to run any of them so I really appreciate any help in the matter.

This is the errors I get when I run in docker

1 acerverat@fx-hd:/STORAGE/gpib/programs/JAFFA-version-2.3$ bash run_test.sh                                                                                                                                                                  
????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????                                                                                                                                          
|                              Starting Pipeline at 2024-02-02 03:39                               |                                                                                                                                          
????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????                                                                                                                                          
                                                                                                                                                                                                                                             
========================================= Stage run_check ==========================================                                                                                                                                          
Running JAFFA version 2.4_dev                                                                                                                                                                                                                
Checking for required data files...                                                                                                                                                                                                          
/opt/JAFFA/hg38_genCode22.fa                                                                                                                                                                                                                  
/opt/JAFFA/hg38_genCode22.tab                                                                                                                                                                                                                
/opt/JAFFA/known_fusions.txt                                                                                                                                                                                                                  
/opt/JAFFA/hg38.fa                                                                                                                                                                                                                            
/opt/JAFFA/Masked_hg38.1.bt2                                                                                                                                                                                                                  
/opt/JAFFA/hg38_genCode22.1.bt2                                                                                                                                                                                                              
All looking good                                                                                                                                                                                                                              
                                                                                                                                                                                                                                             
================================= Stage prepare_reads (BT474-demo) =================================                                                                                                                                          
groovy.lang.MissingMethodException: No signature of method: bpipe.Branch.plus() is applicable for argument types: (String) values: [_filtered_reads.fastq.gz]                                                                                
Possible solutions: is(java.lang.Object), split(groovy.lang.Closure), use([Ljava.lang.Object;), wait(), size(), dump()                                                                                                                        
        at /opt/JAFFA/JAFFA_stages$_run_closure2.doCall(/opt/JAFFA/JAFFA_stages.groovy:146)                                                                                                                                                  
        at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)                                                                                                                                                    
        at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)                                                                                                                                  
        at java.base/jdk.internal.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)                                                                                                                          
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)                                                                                                                                                                      
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)                                                                                                                                                                              
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)                                                                                                                                                                                  
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)                                                                                                                                                          
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)                                                                                                                                                                
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)                                                                                                                                                                      
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)                                                                                                                                                                              
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)                                                                                                                                                                                  
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)                                                                                                                                                          
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)                                                                                                                                                                
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)                                                                                                                                                                      
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)                                                                                                                                                                              
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)                                                                                                                                                                                  
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)                                                                                                                                                          
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)                                                                                                                                                                
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)                                                                                                                                                                      
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineStage$run.call(Unknown Source)
        at bpipe.Pipeline.runSegment(Pipeline.groovy:683)
        at bpipe.BranchRunner.run(BranchRunner.groovy:69)

=========================================== Bpipe Error ============================================

An error occurred executing your pipeline:

No signature of method: bpipe.Branch.plus() is applicable for argument types: (String) values: [_filtered_reads.fastq.gz]
Possible solutions: is(java.lang.Object), split(groovy.lang.Closure), use([Ljava.lang.Object;), wait(), size(), dump()


Please see the details below for more information.

========================================== Error Details ===========================================

groovy.lang.MissingMethodException: No signature of method: bpipe.Branch.plus() is applicable for argument types: (String) values: [_filtered_reads.fastq.gz]
Possible solutions: is(java.lang.Object), split(groovy.lang.Closure), use([Ljava.lang.Object;), wait(), size(), dump()
        at /opt/JAFFA/JAFFA_stages.groovy$_run_closure2.doCall(/opt/JAFFA/JAFFA_stages.groovy:146)
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.doCall(PipelineCategory.groovy:236)
        at bpipe.PipelineCategory$_plus_closure5.call(PipelineCategory.groovy)
        at bpipe.PipelineStage.runWrappedBody(PipelineStage.groovy:459)
        at bpipe.PipelineStage.runBody(PipelineStage.groovy:432)
        at bpipe.PipelineStage.run(PipelineStage.groovy:226)
        at bpipe.PipelineStage$run.call(Unknown Source)
        at bpipe.Pipeline.runSegment(Pipeline.groovy:683)
        at bpipe.BranchRunner.run(BranchRunner.groovy:69)


====================================================================================================

More details about why this error occurred may be available in the full log file .bpipe/bpipe.log

This is the command I have been using

docker run \
        -v "/STORAGE/gpib/programs/JAFFA-version-2.3/test_data/":/data/test_data \
        jaffa  \
        bpipe run \
        /opt/JAFFA/JAFFA_direct.groovy \
        /data/test_data/BT474-demo_1.fastq.gz

I have tried also directly inside the docker container, and without docker.

In docker I put the references in /opt/JAFFA

Without docker this is the output error

acerverat@fx-hd:/STORAGE/gpib/programs/JAFFA-version-2.3$ tools/bpipe-0.9.9.2/bin/bpipe run JAFFA_direct.groovy -p refBase=references test_data/*gz
OpenJDK 64-Bit Server VM warning: Options -Xverify:none and -noverify were deprecated in JDK 13 and will likely be removed in a future release.
java.lang.ExceptionInInitializerError
        at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
        at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:77)
        at java.base/jdk.internal.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
        at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:568)
        at org.codehaus.groovy.tools.GroovyStarter.rootLoader(GroovyStarter.java:109)
        at org.codehaus.groovy.tools.GroovyStarter.main(GroovyStarter.java:131)
Caused by: groovy.lang.MissingMethodException: No signature of method: static java.util.logging.Logger.getLogger() is applicable for argument types: (java.lang.String) values: [bpipe.Runner]
        at groovy.lang.MetaClassImpl.invokeStaticMissingMethod(MetaClassImpl.java:1500)
        at groovy.lang.MetaClassImpl.invokeStaticMethod(MetaClassImpl.java:1486)
        at org.codehaus.groovy.runtime.callsite.StaticMetaClassSite.call(StaticMetaClassSite.java:53)
        at org.codehaus.groovy.runtime.callsite.CallSiteArray.defaultCall(CallSiteArray.java:48)
        at org.codehaus.groovy.runtime.callsite.AbstractCallSite.call(AbstractCallSite.java:113)
        at org.codehaus.groovy.runtime.callsite.AbstractCallSite.call(AbstractCallSite.java:125)
        at bpipe.Runner.<clinit>(Runner.groovy:52)
        ... 6 more

Thanks for your help!

-Alejandra

[Nadia Davidson]

A slow reply from me, but here is a relevant thread https://github.com/Oshlack/JAFFA/issues/102