Caro collega, che io sappia CalculiX non prevede "modifiche alla geometria" durante gli step di calcolo.
Imparare ad usare CalculiX.....che dire, dipende da cosa uno vuole fare. Io l'ho imparato soprattutto per la sua "complicità" di linguaggio col più commerciale Abaqus, in pratica i file di input (*.inp) sono, pressochè, intercambiabili; ciò mi permette di abozzare a casa con CalculiX e raffinare in ufficio con Abaqus. Anche con CalculiX possono essere lanciate più simulazioni una dopo l'altra, basta scrivere un semplice file bat o cmd da lanciare nel suo prompt dei comandi. Inoltre Calculix, con l'ausilio della librerie MKL di Intel, supporta il risolutore diretto di matrici sparse PARDISO. In più, se hai una scheda video Nvidia, installando le librerie Cuda, il risolutore PaStiX (Parallel Sparse matriX package) è in grado di usare la GPU per accelerare i tempi di calcolo.
Detto ciò, ad mio modesto parere, (vedi anche in merito il progetto CAElinux) trovo che CalculiX sia un pacchetto di pre et post-processor per l'analisi FEM degno di tutto rispetto --> guarda quello che è in grado di fare e guarda quanto costa, ad esempio, la licenza di Abaqus!!!