La deduzione del 70% si ha quando la vettura è data in uso promiscuo al dipendente per la maggior parte del periodo d'imposta, a fronte di un "benefits" tassato in capo al dipendente (in modo forfetario).
Ma tu parli di fatturazione al dipendente come se la vettura, almeno in parte, venga concessa allo stesso dietro pagamento di corrispettivo. E questo per consentire la detrazione dell'iva in modo integrale.
Quindi si "intrecciano" due diversi trattamenti.
Un primo legato all'uso dietro pagamento di corrispettivo. In tal caso i costi auto sarebbero deducibili interamente nel limite del corrispettivo.
Se poi l'auto è data anche ad uso promiscuo sulla differenza si applicherebbe la deduzione del 70%.
Per quanto riguarda la rettifica dell'iva, considerato che l'auto non viene più concessa al dipendente a pagamento, direi che il riferimento sia l'art. 19bis2 del dpr 633/1972 che nel comma 2 indica che "Per i beni ammortizzabili, la rettifica di cui al comma 1 e' eseguita in rapporto al diverso utilizzo che si verifica nell'anno della loro entrata in funzione ovvero nei quattro anni successivi ed e' calcolata con riferimento a
tanti quinti dell'imposta quanti sono gli anni mancanti al compimento del quinquennio."
In questo caso, poiché la vettura non viene più concessa dietro pagamento di un corrispettivo, ma viene utilizzata dall'azienda come qualsiasi altra vettura vi è un cambio di utilizzo che comporta una riduzione di detrazione, che dal 100% passa al 40% per i quinti che mancano al quinquennio dal primo utilizzo (nel tuo caso sarebbero 4/5).
Se poi dovesse essere di nuovo concessa a pagamento ad un dipendente potresti recuperare la detrazione per i "quinti mancanti".