Quale programma hai usato per aprirlo?
Okular?
Evince?
Xpdf?
Epdfview?
mupdf?
Se non sai rispondere, prendi un PDF che si legge
aprilo su ubuntu o debian allo stesso modo che hai
fatto col documento problematico.
Una volta aperta la finestra del viewer pdf cerca
le informazioni sul nome e versione del programma
(di solito sotto "help" - "about").
Così almeno iniziamo a capire cosa hai usato per
visualizzare il PDF che non si vede.
Altra informazione utile che puoi postare:
l'output dei comandi:
file doc-che-vedi-regolarmente.pdf
file doce-che-non-vedi.pdf
In questo modo capiamo di che tipo di PDF si tratta.
Potrebbe essere di aiuto anche questo procedimento
che prende il pdf illeggibile, ne crea una versione
"PS" e poi stampa virtualmente quest'ultima crenado
nuovamente un PDF. Quest'ultimo dovrebbe essere
leggibile oltre che compresso. Ecco la guida, sono
tre comandi:
https://www.lffl.org/2013/04/linux-comprimere-un-pdf-senza-perderne.html