Puoi aprire un pdf come un normale file di testo, come del resto puoi fare con Notepad, ho fatto recentemente un lavoro simile.
Più complesso sarà capire dove iniziano i dati che ti interessano, devi studiarti la struttura dei pdf, non è così semplice come può sembrare.
E prima di poter leggere i dati in chiaro lo devi decodificare, puoi usare
http://qpdf.sourceforge.net/
Se i pdf provengono tutti dalla stessa fonte forse te la cavi, ne studi uno e gli altri presumibilmente saranno simili.
Ciao.
-Marco-