%matplotlib qtコマンドを入れ直すと表示するようになるので、それほど不便はないですが、気持ち悪いので原因と対策を調べたいと思っています。
環境はwindows7,winpython2.7.6.4+ipython3.0です。つまりpython2.7です。会社のPCで色々裏で動いているため、そういう環境依存の部分もあるかもしれませんが。