なるほど、了解しました。
IPMsg自体には「ログファイルを削除する」という機能自体がないため、IPMsg利用上の誤操作ではなさそうです。
考えられることとしては、
1.間違えて or 意図的にExplorer等から削除・ゴミ箱に移動してしまった。
2.ログ保存場所を意図せず変更したことがある。(=どこかにipmsg.logが存在する)
3.アンチウイルス系ソフトが自動削除した。(通常はテキストファイルなので考えづらいですが。アンチウイルスの履歴を見ると良いかもしれません)
あたりでしょうか。
なお、IPMsg設定で「ログを保存」はONになっているかは確認済みでしたでしょうか?