Bom, vamos lá.
1 - Os impostos sobre sua empresa incidem sobre o faturamento, caso sua empresa seja de lucro presumido. Faturou X, pagou Y de impostos. Os impostos variam de acordo com a categoria da empresa, que no seu caso será possivelmente de "desenvolvimento de software sob encomenda", que totaliza 13,8% do faturamento bruto. No caso do simples, não passa de 6.5% mas possui limites de faturamento, não pode passar de um X anual se não me engano.
2 - As fontes pagadoras serão as empresas que controlam as lojas, no caso o Google Brasil e a Apple Brasil. Possivelmente você terá que declarar essas empresas e seus respectivos CNPJs como fontes pagadoras. O sistema financeiro é uma cadeia de recebimentos e pagamentos controlada pelo fisco. Algum CNPJ tem que emitir nota para receber de outro CNPJ, criando o link ( a não ser em caso de empresas autorizadas a passar nota consumidor que inclui categorias de comércio e serviços, mas acho que para empresas que trabalham com desenvolvimento não há esse tipo de nota )
3 - Abrir uma empresa logo de cara gera custos. Começou a faturar qualquer centavo, a receita lhe obriga a manter um contador e declarar mensalmente, semestralmente e anualmente qualquer movimentação de entrada e saida de dinheiro sujeito a tributação. Um contador meia-boca custa meio salário mínimo por mês, e as multas pelas não declarações são salgadas mesmo. Portanto, é realmente necessário abrir uma empresa agora para se começar a desenvolver alguma coisa? O correto seria desenvolver primeiro, colocar no ar com uma conta pessoal e se, e SOMENTE SE, a coisa pegar ( o que atrairá investidores ) ai sim formalizar uma empresa, transferir o app para a conta da empresa e receber o aporte.
4 - Dinheiro da empresa é dinheiro da empresa, dinheiro seu é dinheiro seu. Se você abrir uma empresa e faturar com ela, o dinheiro é dela. Para transferir o dinheiro para pessoa física, só através de pró-labore ou distribuição de dividendos. Todos os profissionais PJ do mercado que trabalham passando nota declaram uma retirada de 100% dos lucros no fim do ano na forma de dividendos para evitar o sobre-imposto, além de declarar um pró-labore mínimo mensal de um salário mínimo só para constar um pagamento de INSS entre outras frescuras.
5 - Se você tirar o dinheiro da empresa em forma de pró-labore, irá se caracterizar SALÁRIO, consequentemente passível de tributação de imposto de renda, o que é uma cagada e caracteriza sobre-imposto, já que vc pagou os 13.8% como pessoa jurídica.
6 - A comissão das lojas de 30% é um processo interno delas e não impacta em nada na sua contabilidade em relação a impostos.
Espero ter ajudado, e se falei alguma coisa errada ou se faltou alguma coisa, por favor me corrigam!!
Abraços!