Nakon što je jedini profesor teorijske fizike (Stjepanek) otišao 1943. u mirovinu zbog starosti, Ivan Supek je nakon rata izabran na praznu katedru. Oko njega se ubrzo okupljaju nadareni studenti, pa nastaje seminar za teorijsku fiziku, koji je bio organski nastavak Heisenbergova seminara s istim glavnim područjima; u njemu izrastaju Glaser, Jakšić, Alaga, Babić-Gjalski, Janković, Ljolje, Grossmann i poslije mnogi drugi, koji teorijsku fiziku u Zagrebu podižu na europsku razinu. U tom nastavnom radu izlazi godine 1949. Supekova Teorijska fizika i struktura materije, kojoj će od trećeg izdanja dopune pisati njegovi đaci. Budući da je teorijska fizika ovdje stekla znatan ugled, savezna vlada donosi u svibnju 1950. zaključak da se Ivanu Supeku povjerava gradnja instituta u Zagrebu, a to će on uskoro proširiti na fundamentalna istraživanja u fizici, pa elektronici, kemiji i biologiji, nazvavši novi interdisciplinarni institut po Ruđeru Boškoviću. Da bi se tu stvorila moderna eksperimentalna fizika, Supek šalje drugu generaciju svojih diplomanada u laboratorije u Englesku, Sjedinjenje Države i drugdje. Ako se time i smanjuje broj stručnjaka za teorijsku fiziku, razvijaju se vrsni eksperimentatori Ilakovac, Knapp, Šlaus, Cindro, Leontić i drugi. Nakon osam godina Institut Ruđer Bošković, združen u radu s Prirodoslovno-matematičkim fakultetom, ima mnoge doktore znanosti i ucrtava se, kao što je rekao Niels Bohr, u dotadašnju bjelinu na karti Europe.
Od znanstvenih istraživanja i otkrića u fizici važnije mu je bilo da fizika i svaka druga znanost bude etična, da služi općem dobru i da ne bude zloupotrebljena za ratove i druge nečasne ciljeve. S humanističkih stajališta kritizirao je društvene i političke nepravilnosti, svjestan da je svijet kojem teži, utemeljen na miru, toleranciji, demokraciji i socijalnoj pravdi, u kojem će svaki čovjek biti poštovan, a slabiji zaštićeni, zapravo utopija.
Njegov udžbenik Teorijska fizika i struktura materije iz 1949. još se rabi u nastavi, a knjige Svijet atoma iz 1941. te Od antičke filozofije do moderne nauke o atomima iz 1946., potakle su mnoge učenike da se odluče za studij fizike i prirodnih znanosti. Budući da je teorijska fizika u Zagrebu pod Supekovim vodstvom stekla znatan ugled, savezna vlada odlučila mu je 1950. povjeriti gradnju instituta u Zagrebu koji će se baviti ne samo teorijskom fizikom, nego i fundamentalnim istraživanjima u fizici, a kasnije i u elektronici, kemiji i biologiji.
aa06259810