IMP-apQuant- FAMIS

[Trevor Glaros]

Will your label-free node on PS2.3 work for label free quantitation with FAMIS data?

-Trevor

[Trevor Glaros]

Also will it work using the Fragpipe node?

Thanks,

Trevor

[Gerhard Dürnberger]

Hi Trevor, 

yes, apQuant works for FAIMS data and treats FAIMS CVs separately. Quantification for peptides occuring in multiple CVs will be summed up.
I did not have the chance to test the Fragpipe node yet. But if you switch to the respective score and choose a meaningful score threshold it should work.

Where is the Fragpipe node available? Can you send me a link.

Kind regards, Gerhard

[Glaros, Trevor Griffiths]

MSFragger

https://msfragger.nesvilab.org/

MSFragger | Ultrafast, comprehensive peptide identification for mass spectrometry–based proteomics msfragger.nesvilab.org Ultrafast, comprehensive peptide identification for mass spectrometry–based proteomics

MSFragger is very fast compared to SEQUEST, MASCOT, and MSAmanda.

Thanks,

Trevor

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From: imp-pd...@googlegroups.com <imp-pd...@googlegroups.com> on behalf of Gerhard Dürnberger <gerhard.due...@gmail.com>
Sent: Wednesday, November 9, 2022 5:32 AM
To: IMP PD Nodes
Subject: [EXTERNAL] Re: IMP-apQuant- FAMIS

 

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