第4章2節「3Ⅾデータにおける形態解析」について

[deep0o...@gmail.com]

はじめまして。

本書籍を利用して、画像解析を勉強させていただいている学生です。

恐れ入りますが

本誌第4章2節「3Ⅾデータにおける形態解析」中のTrakEM2についてお尋ねさせてください。

 

p110～「【演習②】TrakEM2による3次元モデリング」に従って、

サンプル画像のMRI Stack（528K）中の眼球をモデリングしていたのですが、

眼球の領域を選択したのち、

「Z space内のarea listからShow in 3D」

→「Resampleで1 を指定しOK」

の操作（本誌p113辺りです）を行っても

黒い背景のみで眼球のモデルが一切表示されませんでした。

※Resampleの値を変更しても同様でした。

もし改善できる部分がございましたらご教授願えますでしょうか。

[塚田 祐基]

投稿者さま、

本書籍のご利用ありがとうございます。
私の環境でも再現する問題であることを確認しました。

少し調べたところ、Java8になったことに伴う問題のようです。
http://forum.imagej.net/t/cant-display-area-map-using-show-in-3d-in-trakem2-on-mac/1003
残念ながらいまのところ、Java6にダウングレードするしか解決方法がないようです。

Java8をoffにする方法についてスマートな方法があるかもしれませんが、
とりあえずはjava6のライフラインバージョンが以下から手に入るようです。
https://imagej.net/Fiji/Downloads#Java_6
これで動くかまでは試していないのですが、
もし試されるようでしたら結果を教えていただけると助かります。

塚田祐基

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[deep0o...@gmail.com]

塚田　様

ご教授いただき誠にありがとうございます。

先ほどJava6のライフラインバージョンをダウンロード・解凍し、

Fiji内のTrakEM2を使用したところ

無事正常に眼球のモデルが表示されました。

少し調べてみたのですが、Java8だとTrakEM2を含め細かな不具合が幾つかあるようです。

今後fijiを新規で使われる方は（当面は）Java6のライフラインバージョンをダウンロードした方が

もしかしたらよいのかもしれません。

2018年2月6日火曜日 21時50分46秒 UTC+9 塚田祐基: