皮膚Luna 染色で紫色に染められる、エラスチン繊維とmast cellをTrained WEKA segmentation plug-inでsegmentaion後について

[Hiroshi Maeno]

件名に関してご相談です。

目的；ヒト皮膚病理組織をLuna 染色により、紫色に染色されたelastin fiberの定量化。

現状；　1）Fiji-TWS plug-in を使い、紫色のelastin 繊維　黒色の細胞核、その他幾つかの形状をSegmentation.　2）elasin 繊維と細胞膜が同一画像上にSementaionされる。

質問事項；

３）上記２から細胞膜のみを取り除く plug-inの有無　（操作方法）？、もしくは

4)  別の画像上にSegmentされる細胞の外周トレース、細胞外側へ拡大（このプラグイン、もしくは操作方法？）、elastin 染色と細胞膜のSegmentaion画像から、差分を取る方法。

ご参考までにLuna染色像, segmentaionのstackのリンク(https://drive.google.com/file/d/1-LaQkdT6Eouw_l1orIynMCQkHl8oMeyl/view?usp=sharing)を張っておきます。

前野

[Yuki Tsukada]

前野さん、

WEKA segmentation plug-inで分節化を試みているとのことですが、

どの領域とどの領域を分けたいかが分かりにくいのでコメントが得られにくいと思います。

ごく一般的なコメントとしては、大まかな領域に分けるマスクを作成して、一度そのマスクで分類した後に、

目的の領域をWEKA segmentation plug-inなどを使って細かく分けると上手くいくかもしれません。

また、elastin繊維はかなり紫の範囲が限定されてそうなので、色を指標に領域を分けても良いかもしれません。

いずれにせよ、メールベースだとかなり詳しく説明をしないとそもそもの問題設定がわかりずらいかと思います。

ご参考まで。

塚田　祐基

2023年8月16日(水) 5:03 Hiroshi Maeno <hiro...@gmail.com>:

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塚田　祐基

慶應義塾大学　理工学部　生命情報学科

理工学研究科　基礎理工学専攻　生命システム情報専修

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