icy

[Atushi Nakano]

御存知かもしれませんが、フランス発のBio image用ソフトとしてＩｃｙというのがあります。

http://www.bioimageanalysis.org/icy/index.php

もともと、Snake algorithm でのROI設定をしたくて、

http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:segmentation:active_contour:start

をつかっていたのですが、今一なので、探したところ、icyにいろいろありそうなのが判りました。

ただ、敷居がたかくて、ついついFijiですませているので、まだ使い込んだことはありませんが、

GUIでのプログラミングや、3D周りの機能などはかなり実装されていそうな感じではあります。

あと、USの顕微鏡のディーラ？と思いますが、

http://www.austinblanco.com/blog/

も、µMicromanager関係など色々参考になります。

[つかだゆうき]

情報ありがとうございます！

Icyについては本書では派生プロジェクトの章で一言触れているだけなので、

機会を作って拡充したいと思います。活発なコミュニティなので今後の動向も楽しみです。

Austin's Imaging Blog, 面白いですね。

ArduinoやRaspberry Piなど自作系の情報もたくさんあり、

顕微鏡周りに限らず参考になる話題が豊富に思います。

顕微鏡制御については本書ではおまけ程度の記述なので、

micro-managerを中心に何か書く機会があればと思います。

Make:やRSコンポーネンツなどとコラボできると面白いと思うのですが・・・。

塚田　祐基

2016年6月8日水曜日 14時24分55秒 UTC+9 Atushi Nakano:

[Atushi Nakano]

Icyについては本書では派生プロジェクトの章で一言触れているだけなので、

機会を作って拡充したいと思います。活発なコミュニティなので今後の動向も楽しみです。

本文中で触れられていたのですね。こちらのサイトのリンクだけみで記載がないので

書かせていただきました。

 

顕微鏡制御については本書ではおまけ程度の記述なので、

micro-managerを中心に何か書く機会があればと思います。

Make:やRSコンポーネンツなどとコラボできると面白いと思うのですが・・・。

顕微鏡制御まわりは動かすまでに手間がかかるのでなかなか大変ですが、

専用ソフトを買っても、基本的な機能以上はかなりのマクロを書かないとダメな

場合もあるので、micro-managerを中心にした話はほしいところですね。

また、シャッターやフィルターなど、顕微鏡にその機能がない場合にも

後付けで自動化したりもしていますね。

専用ソフトを買コストで、ステージや感度の良いカメラが入手できるので

もっと活発になってもよいとは思うのですが。。。

GEのInCellなんかは顕微鏡観察の自動化の最たるものだと思います。

 

[つかだゆうき]

顕微鏡制御については好きな分野でもあるので盛り上がって欲しいところです。

ただ、どうしても画像解析と比べるとユーザーが少なくなってしまうので、

現状ではウェブ上のコンテンツを拡充するぐらいでしょうか。

アメリカなどのように企業もまきこんで行くのがみんなにとって良いと思っていて、

少しずつ草の根活動は進めております。

何かの機会にまとまった情報を公開できればと思います。

2016年6月8日水曜日 15時28分50秒 UTC+9 Atushi Nakano:

[Kota Miura]

こんにちは。

On Wednesday, June 8, 2016 at 8:28:50 AM UTC+2, Atushi Nakano wrote:

Icyについては本書では派生プロジェクトの章で一言触れているだけなので、

機会を作って拡充したいと思います。活発なコミュニティなので今後の動向も楽しみです。

本文中で触れられていたのですね。こちらのサイトのリンクだけみで記載がないので

書かせていただきました。

他にも3次元の動的輪郭法（Active Contour）に関しては、自分では使ったことがないですが、3次元の実装がFijiにないのでICYを使ってみてください、とは、QUIMPを紹介した章でかいたのですが、 自分でも試してみたいと思っています。もし良さそうな単細胞の運動の3次元時系列などのサンプルがどこかにあったら紹介していただけると、いろいろテストできます。

ICYは、開発者たちといろいろ共同作業をしたりもしているのですが（とてもアクティブなチームです）、ユーザーコミュニティがフランスに偏っているので、解析にはあまり使っていません。他に見られないいろいろな機能がてんこ盛りだし、ドキュメンテーションがそれぞれの実装に関してとてもしっかりしているので、ピンポイントで使う、というような使用法がいいかもしれません。