Fijiではなく純正のImageJでこのところ見られることのある問題で、アップデータ(Help > Update ImageJ...)を起動しようとすると、"Release notes are not in the expected format"という小さなウィンドウが表示され、アップデートできないことがあります。この場合には次の2つの対処法があります。
1. ImageJをダウンロードして、再インストール。
2. ImageJの更新用プラグイン(
ImageJ_Updater_.class)をダウンロード、pluginsフォルダに保存し、[Help > Refresh Menues...]もしくは再起動ののち[Plugins > ImageJ Updator]のコマンドで、ImageJ本体を更新する。プラグインをすでにいろいろ入れている方はこちらの方法がよいでしょう。
この問題の理由ですが、NIHのサイトポリシーが変更されてセキュリティが厳しくなったため、ImageJの配布を行っているサーバが別の場所になったためです。