Fijiマクロで tubenesがうまく行きません

Mari

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Sep 15, 2021, 3:25:13 AM9/15/21

to ImageJ-jp

学部４年で最近画像解析の勉強を始めたばかりでわからないのですが、macroを書いていて、3つのことをして新しい画像を生成し、フォルダに保存したいと思って書きました。

一個め、二個めはうまく動いていそうなのですが、三個めにtubenessをSigma３の値で実装させようとすると、他のことをしてしまって、手動で加工した時と全く異なる画像が生成されてしまいます。

その前の二個の作業はmacroのrecordから取ってきてコードを移してうまくいっているのですが、tubenessがどうもうまく行きません。

どうしたらうまくtubenessをうまく実装できるのか教えていただけますと幸いです。

よろしくお願いいたします。

作成したマクロは以下です。

dir1 = getDirectory (" Select the source directory");

// ここでユーザーは保存先のフォルダを指定する必要がある

dir2 = getDirectory("Select destination directory");

list = getFileList(dir1);

Array.sort(list);

setBatchMode(true);

for(i=0; i<list.length; i++){

filename = dir1 + list[i];

// tiff 形式のファイルを扱っていることを確認する

if (endsWith(filename, "tif")){

open(filename);

run("Subtract Background...", "rolling=50");

run("Enhance Local Contrast (CLAHE)", "blocksize=9 histogram=256 maximum=4 mask=*None*");

　　run("Tubeness", "sigma=3 use");

//この部分は改変した画像を保存先のフォルダに保存する

saveAs("TIFF", dir2+list[i]);

close();

}

塚田祐基

unread,

Sep 15, 2021, 3:39:28 AM9/15/21

to Mari, ImageJ-jp

Mariさん、
問題の共有ありがとうございます。

こちらで再現を試みたのですが、特に問題は見つかりませんでした。
具体的には、適当な画像を開いて以下の三行をImageJエディタから実行するとそれらしい画像が生成されました。

> run("Subtract Background...", "rolling=50");
> run("Enhance Local Contrast (CLAHE)", "blocksize=9 histogram=256 maximum=4 mask=*None*");
> run("Tubeness", "sigma=3 use");

>他のことをしてしまって、手動で加工した時と全く異なる画像が生成されてしまいます。
どのような画像が生成されたか教えてもらえますか？

少し気になるのは、メールに書かれたスクリプトのTubenessの行だけ行頭にスペースが入っているので、
文字コードによってはこれが悪さをするかもしれません。

塚田　祐基

> --
> このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
> このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。
> このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> にアクセスしてください。

Kota Miura

unread,

Sep 15, 2021, 5:02:27 AM9/15/21

to 塚田祐基, Mari, ImageJ-jp

まりさん

塚田さんがいうようにTubenessの行頭が全角になっているので、スペースとして認識されていないのだと思います。全角のところを削除して、タブに差し替えてみればうごくんじゃないでしょうか。

三浦

このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」の登録者に送られています。
このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com にメールを送信してください。
このディスカッションをウェブ上で閲覧するには、https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/bb8532dd-c172-1081-5b8c-782017573db5%40b.mbox.nagoya-u.ac.jp にアクセスしてください。

塚田祐基

unread,

Sep 15, 2021, 5:13:02 AM9/15/21

to kota...@gmail.com, ImageJ-jp

# MLの方に投げてなかったので再送します。

Mariさん、

個別には動くので、自動化できると思います。
こちらで問題が再現できてないので問題が特定できませんが、
各処理に時間がかかっているんですかね。その場合、

run("Subtract Background...", "rolling=50");

wait(1000);

run("Enhance Local Contrast (CLAHE)", "blocksize=9 histogram=256 maximum=4 mask=*None*");

wait(1000);

run("Tubeness", "sigma=3 use");

のように、処理の間に休憩を入れてあげると追いつくかもしれません。待つ時間も振って試してみてください。

塚田　祐基

On 2021/09/15 17:18, Mari wrote:
> 塚田様
>
> ご返信ありがとうございます。メールでは、忘れて、あとからその行を付け足したため、スペースが入っていますが、実際は入れてないで動かしました。
>
> たくさん画像があるので自動化したいのですが、やはり手動で一枚ずつやるしかなさそうですかね…？一枚一枚やった時と、これを実装したときには画像が全く異なってしまって、違う処理になってしまっているようなのを、どうにかしたいのですが…
>
> 2021年9月15日(水) 16:39 塚田祐基 <tsukad...@b.mbox.nagoya-u.ac.jp <mailto:tsukad...@b.mbox.nagoya-u.ac.jp>>:

> > このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp%2Bunsu...@googlegroups.com> <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp%2Bunsu...@googlegroups.com>> にメールを送信してください。
> > このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>> にアクセスしてください。

>
> -- このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」の登録者に送られています。

> このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp%2Bunsu...@googlegroups.com> にメールを送信してください。
> このディスカッションをウェブ上で閲覧するには、https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/bb8532dd-c172-1081-5b8c-782017573db5%40b.mbox.nagoya-u.ac.jp <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/bb8532dd-c172-1081-5b8c-782017573db5%40b.mbox.nagoya-u.ac.jp> にアクセスしてください。
>

Mari

unread,

Sep 15, 2021, 7:45:43 PM9/15/21

to ImageJ-jp

塚田様、三浦様

ご返信ありがとうございます。

どちらも試したのですが、やはり、手動でTubenessのフィルターをかけた時と、マクロで走らせた時に得られる画像が異なってしまいました。

画像の一部を添付します。

添付1が元の画像、添付２が得たいもの、添付3がマクロを走らせたときに得られる画像です。

長瀬

2021年9月15日水曜日 18:13:02 UTC+9 tsukad...@b.mbox.nagoya-u.ac.jp:

添付3.png

添付２.png

添付1.png

塚田祐基

unread,

Sep 15, 2021, 9:24:05 PM9/15/21

to Mari, ImageJ-jp

長瀬さん、

なるほど、Tubenessというよりは、前処理が悪さをしてそうですね。

元の画像は添付のようにRGBでしょうか？
run("8-bit");
などで一度グレースケールにした方がよく、手動のときはそこらへんが勝手に動いているかもしれません。
あと、

run("Tubeness", "sigma=3 use");

を削除したもので一度マクロを走らせてみて、
出てきた画像の輝度値を手動で処理したものと比べると何が起こっているか明確になるかもしれません。
Enhance Local Contrastのパラメータが、特定のものでだけ上手くいくものになってるのではないでしょうか？

塚田　祐基

> > > このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com>> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer

> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>> にアクセスしてください。
> >
> > -- このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」の登録者に送られています。
> > このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp%2Bunsu...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

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> >
>
> --
> このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。

> このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。
> このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> にアクセスしてください。

Mari

unread,

Sep 15, 2021, 9:38:23 PM9/15/21

to ImageJ-jp

塚田様

ご返信ありがとうございます。

すみません、添付したものはスクリーンショットです。

8bit のグレーケールのもので走らせています。

前処理のものがきちんと動いていそうだ、ということは確認できました。

処理をして新しく保存することをしていますが、1つだけの処理にしたもの、2つだけの処理にしたものはそれぞれきちんと動いていそうだというのは確認できました。

Tubenessの処理を入れた時だけ変になってしまいました。

長瀬

2021年9月16日木曜日 10:24:05 UTC+9 tsukad...@b.mbox.nagoya-u.ac.jp:

塚田祐基

unread,

Sep 15, 2021, 9:53:02 PM9/15/21

to Mari, ImageJ-jp

長瀬さん、

それでは、前の2つの処理だけして上手くいったものを保存して、その画像に対して、
手動でTubeness処理してみるのと、マクロでTubenessだけ処理したものを比較してみたらどうなりますか？

マクロだけで処理がおかしくなるのは考え難いのですが、これでマクロだけで上手くいかないのであれば
開発者に連絡してもいいぐらいな気がします。
逆に、これで上手くいくのであれば、根本の問題解決は置いといて、
二つのマクロに分ければとりあえずは目的は達成できると思います。

あとはすでにやっているかもしれませんが、Fijiを最新版にしておくのもおすすめします。

塚田　祐基

> > <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>>> にアクセスしてください。
> > >
> > > -- このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」の登録者に送られています。
> > > このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp%2Bunsu...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

> > >
> >
> > --
> > このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
> > このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

> > このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>> にアクセスしてください。

>
> --
> このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
> このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

> このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> にアクセスしてください。

Mari

unread,

Sep 15, 2021, 11:38:47 PM9/15/21

to ImageJ-jp

塚田様

run("Tubeness", "sigma=3 use");

だけをマクロに入力して、開いてある画像に対してrunした場合ではきちんと処理がされました。

先ほどのマクロの中にこの処理だけを入れたものはやはり、添付3のようになってしまいました。

画像がたくさんあるので、フォルダの中を一括で処理してくれるようにしたいのですが、どのように書いたらこの問題を克服できそうか、もしお心当たりがございましたら教えていただけますと幸いです。

長瀬

2021年9月16日木曜日 10:53:02 UTC+9 tsukad...@b.mbox.nagoya-u.ac.jp:

塚田祐基

unread,

Sep 16, 2021, 12:05:05 AM9/16/21

to Mari, ImageJ-jp

長瀬さん、

いま気づいたのですが、元のマクロではcloseが一回だけなので、前処理した画像が残っているかもしれませんね。
Tubenessは新たに画像を生成するみたいなので、沢山画像を開くときはTubenessで生成した画像と
前処理した画像をそれぞれ閉じる必要がありそうです。

もしくは、元のスクリプトから

run("Tubeness", "sigma=3 use");

を除いたものを走らせて、前処理だけした画像を保存して、その後に、逆に

run("Subtract Background...", "rolling=50");
run("Enhance Local Contrast (CLAHE)", "blocksize=9 histogram=256 maximum=4 mask=*None*");

を除いたものを走らせてみたらTubenessだけ上手く動きませんか？
前処理とrun("Tubeness", "sigma=3 use"); の組み合わせがよくないのであれば、一手間かかりますが
これで沢山のファイルでも処理できると思います。

塚田　祐基

> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>

> > > このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com>> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer

> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>> にアクセスしてください。
> >
> > --
> > このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
> > このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

> > このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>> にアクセスしてください。

>
> --
> このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
> このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

> このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/50519bd9-ad63-4b52-b63e-cdf6e7c592ecn%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/50519bd9-ad63-4b52-b63e-cdf6e7c592ecn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> にアクセスしてください。

Mari

unread,

Sep 16, 2021, 12:15:52 AM9/16/21

to ImageJ-jp

塚田様

dir1 = getDirectory (" Select the source directory");

// ここでユーザーは保存先のフォルダを指定する必要がある

dir2 = getDirectory("Select destination directory");

list = getFileList(dir1);

Array.sort(list);

setBatchMode(true);

for(i=0; i<list.length; i++){

filename = dir1 + list[i];

// tiff 形式のファイルを扱っていることを確認する

if (endsWith(filename, "tif")){

open(filename);

run("Tubeness", "sigma=2 use");

//この部分は改変した画像を保存先のフォルダに保存する

saveAs("TIFF", dir2+list[i]);

close();

}

先に示したマクロからtubenessを除いたマクロを動かして前処理した画像だけのファイルに、tubenessだけの処理をする指令を入れた上記に示したマクロを使って動かしましたが、やはり結果は一緒で添付3のような画像が生成されました。

2021年9月16日木曜日 13:05:05 UTC+9 tsukad...@b.mbox.nagoya-u.ac.jp:

塚田祐基

unread,

Sep 16, 2021, 12:35:12 AM9/16/21

to Mari, ImageJ-jp

長瀬さん、

もし可能であれば、3枚ぐらい元画像を私個別宛に送ってもらえますか？
現象をこちらで再現できてないので、いまいち問題が特定できないです。

問題が特定、もしくは切り分けできればMLでまた共有しようと思います。

塚田　祐基

> > <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>>> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/f94a17f1-b6eb-4301-9964-90a4577eb839n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer

> > <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>>> にアクセスしてください。
> > >
> > > --
> > > このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
> > > このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

> > > このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com>> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer

> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/8af63a84-b8a2-43e5-a95c-f24626603183n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>> にアクセスしてください。
> >
> > --
> > このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
> > このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

> > このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/50519bd9-ad63-4b52-b63e-cdf6e7c592ecn%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/50519bd9-ad63-4b52-b63e-cdf6e7c592ecn%40googlegroups.com> <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/50519bd9-ad63-4b52-b63e-cdf6e7c592ecn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/50519bd9-ad63-4b52-b63e-cdf6e7c592ecn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>> にアクセスしてください。

>
> --
> このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
> このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com <mailto:imagej-jp+...@googlegroups.com> にメールを送信してください。

> このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/62cceede-e571-4a7f-bef1-68a3e1ab0959n%40googlegroups.com <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/62cceede-e571-4a7f-bef1-68a3e1ab0959n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer> にアクセスしてください。

塚田祐基

unread,

Sep 16, 2021, 9:15:37 AM9/16/21

to ImageJ-jp

MLのみなさま、

Tubenessのマクロの件、解決しました。

結局、初めのマクロで上手くいっていて、
処理後の画像をfiji以外のビューアで表示するとサチレーションした画像に見えるものの、
値自体は正しいのでコントラストを調整すると目的のものだと確認できたという次第です。

画像の表示と、実際の数値の違いを確認することの大切さを改めて感じました。

塚田　祐基

>> > <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer <https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/55093226-df55-48b0-abd0-6429209755bdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>>> にアクセスして��ださい。

Mari

unread,

Sep 23, 2021, 7:51:51 AM9/23/21

to ImageJ-jp

すみません、遅くなりましたが、上記の通り、解決いたしました。

処理によって、bitが変わっていて、そのためにFijiではなくて、パソコンで直に画像を表示した場合に変わっていてしまったようです。

お騒がせいたしました。

長瀬茉莉

2021年9月16日木曜日 22:15:37 UTC+9 tsukad...@b.mbox.nagoya-u.ac.jp:

Tsukada Yuki

unread,

Sep 23, 2021, 9:25:32 AM9/23/21

to Mari, ImageJ-jp

長瀬さん、

MLの利用ありがとうございました。
ImageJの利用の仕方やスクリプトなどを共有することで不特定多数の人に価値があると思います。
今回のケースも誰かの役に立つと思いますし、私自身も勉強になりました。

塚田　祐基

# このMLももう少し活性化させたいな。

このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com にメールを送信してください。
このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/b0cdc7e5-bdc7-40c3-9175-0b27e7bee3c2n%40googlegroups.com にアクセスしてください。

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Fijiマクロで tubenesがうまく行きません

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