Redirect toについて

[河村峻太郎]

皆様

初めまして。大学院生の河村峻太郎と申します。ImageJに関してオンラインで相談できる方法を探していたら、こちらのグループにたどり着きました。

こちらで、ImageJに関する相談をさせていただいてもよろしいでしょうか？

もし可能であれば、[set measurement]の[redirect to]機能に関して相談させていただきたいです。

目的：複数チャンネル画像において、CH1陽性領域の中でCH2陽性領域の面積を定量する。

方法：両チャンネルで[Threshold]を用いて二値化を行い、CH1において[set measurement -> Redirect to]でCH2を選択し、[analyze particle]を実行した。

問題点：CH1領域内のCH2の輝度値などが計測されるものの、CH2陽性領域の面積が表示されない。

[Redirect to]では、対象物の面積を計測することができないのでしょうか？もし不可能であれば、代わりにどのような方法が良いか教えていただきたいです。

どうぞよろしくお願い致します。

河村峻太郎

[YukiTsukada]

河村様、

ImageJに関する相談、もちろんOKです。

手元で確認してみましたが、redirect toはredirect先の輝度値などには適用できるようですが、

redirect先のThresholdを切った面積は出てこないみたいです。

代わりの方法としては、一度CH1で注目領域のThresholdをかけてapplyボタンを押します。

注目領域は255になるので、[Process -> Math -> Divide...]で255で割って１にしてから（これをマスク画像と呼びます）、

[Process -> Image Calculator]でCH2と掛けると、CH１の注目領域のみ取り出せるので、

ここからThresholdをかけてAnalyze Particleなどを使えばCH2の注目領域の面積が取り出せます。

これで目的に合いますでしょうか？

塚田　祐基

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塚田　祐基

名古屋大学大学院　理学研究科
附属ニューロサイエンス研究センター
〒464-8602
名古屋市千種区不老町
名古屋大学大学院理学研究科生命理学専攻
生体構築論講座　分子神経生物学グループ（森研究室)
電話: 052-789-4559
URL:http://elegans.bio.nagoya-u.ac.jp/~tsukada/

[Kota Miura]

河村さん、塚田さん

塚田さんの答えに少々補足します。

各チャネルを白黒にしたあとで、そのままImage Calculatorで、AND処理をすると、重なっている部分だけ白で残るので、その画像をAnalyze Particleで解析する、でもOKです。

この課題は、基本的には共局在(colocalization)の課題に分類されるもので、以下のリンクを参照にするとよいでしょう。

https://note.com/sakulab/n/n3aafe38d9a5b

ツールとしては、Jacop, GDSCなどを使えば、ご希望の測定ができると思います。

三浦

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[河村峻太郎]

塚田先生　三浦先生

ご丁寧に指導くださりありがとうございます。

先生方のご返答をいただく前に、以下の方法で解決しました。

// CH1でマスク画像を生成し、[Edit > Selection > Create Selection]でroiを作成する。

run("Convert to Mask");
run("Create Selection");
run("ROI Manager...");
roiManager("Add");

// 作成したCH1のroiを、CH2に適応した上で計測を行う。

roiManager("Select", 0);
roiManager("Measure");

教えていただいた方法は、どちらもうまく行きました！共局在課題に使えるプラグインも教えていただきありがとうございました。参考にさせていただきます。

2022年11月4日(金) 19:16 Kota Miura <kota...@gmail.com>:

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河村峻太郎

[Kota Miura]

河村さま

おお。それはよかったです。

Ch1のroiを、thresholdがかかった状態のCh2に適用、ということですね。

うまいやり方だと思います。

三浦