Analyze Particlesのsummarize stackデータの配列処理の方法？

[Atushi Nakano]

初歩的な質問申し訳ありません。

マルチウェルプレート（6well)の各Wellにある粒子を数えるマクロを作成しています。

各Wellは、7x7の49枚で撮影しstackにして、2値化して

　　run("Analyze Particles...", "summarize stack");

で、数を数えています。

このときに、Countだけを取り出して、49x6wellの配列にしたいと思っています。

getResult("Column", row) では、"Summary of ****.tif" のrowが取り出せないのですが、

どうすれば良いでしょうか？

getResultの直前に、selectWindowをもってきてもいますが、ダメでした。

仕方がないので、其々をtxtで保存してexcelのマクロでなんとかしようと思案中ですが、

もし、配列処理ができるようであれば御教示いただければ幸いです。

また、この処理を行っているときはBatchModeで行っていますが、

Summary of ****.tifのwindowだけは最前面に表示されてしまいます。

それどころか、バックグランドでなく、他にExcel等を使っていると、一番上にpop upしてきます。

これを抑制するにはどうすればよろしいでしょうか。

[Kota Miura]

中野さん

On Monday, August 15, 2016 at 5:14:06 PM UTC+9, Atushi Nakano wrote:

マルチウェルプレート（6well)の各Wellにある粒子を数えるマクロを作成しています。

各Wellは、7x7の49枚で撮影しstackにして、2値化して

　　run("Analyze Particles...", "summarize stack");

で、数を数えています。

このときに、Countだけを取り出して、49x6wellの配列にしたいと思っています。

countだけを使いたいのであれば

　count = nResults;

とすれば、個数を取得することができます。

 

getResult("Column", row) では、"Summary of ****.tif" のrowが取り出せないのですが、

どうすれば良いでしょうか？

getResultの直前に、selectWindowをもってきてもいますが、ダメでした。

getResultは、Resultのウィンドウに特化している関数なので、Summaryの表に対しては機能しません。

どうしてもアクセスしたい時には、Resultsのウィンドウを表示させない設定でAnalyze Particlesを行い、表示されたSummaryのウィンドウをRenameして"Results"にすればgetResultsでアクセスできます。

 

仕方がないので、其々をtxtで保存してexcelのマクロでなんとかしようと思案中ですが、

もし、配列処理ができるようであれば御教示いただければ幸いです。

また、この処理を行っているときはBatchModeで行っていますが、

Summary of ****.tifのwindowだけは最前面に表示されてしまいます。

それどころか、バックグランドでなく、他にExcel等を使っていると、一番上にpop upしてきます。

これを抑制するにはどうすればよろしいでしょうか。

これはマクロからの制御はできないと思います。データをマクロから取得したらすぐにSummaryのウィンドウを閉じる、といった方法をためしてみるとよいかもしれません。GUIのより自由な制御は少々敷居が高くなりますがJythonなど、ImageJのクラスに直接アクセスする言語から可能なので、どうしても気になる場合は、そちらを学習してみるのも手です。