定量的な画像解析のための画像取得について

[Mari]

お世話になっております。長瀬です。

ImageJではなく、その前の画像を取得する段階についてのお話で、質問させていただきたく存じます。

今、細胞染色し、顕微鏡で撮影した画像を定量化したいです。

その際に、その時その時で同じように染色しても顕微鏡の設定を変えないと綺麗に撮影ができないことが多く、（染色のされ方が変わってしまうため）その撮影時の設定がバラバラになっているものを同じものとして扱って良いのか、また、染色のされ方が異なるのに全てを同じ設定で撮影するのも定量的ではないと思い、考えているうちにちっとどうすることが最適なのか全くわからなくなってしまいました。

ImageJで何かをする前の質問で恐縮ですが、ImageJにかぎらず、生物画像解析に関するトピックという記載があったので質問させていただきました。

どうしたらより定量的な画像の取得方法になるかご教授いただけましたら幸いです。

長瀬

[塚田 祐基]

長瀬さん、

これは回答というよりは議論よりだとと思うので、他の考え方も検討してみてください。
そしてこれを読んでいる色々な方が意見を出してもらえるといいなと思います。

まず必要なのは、どこに注目しているかをはっきりさせることで、例えば形を定量したいのか、
輝度値を定量したいのか、など、注目する場所が変わるとやり方も変わると思います。

例えば値の定量をしたい場合は、染色手法にも依存しますが、綺麗に撮影できなくても同じ方法で統一して、
画像の値がバラバラになってもそれを生データとして、値の分布なども含めて解析するというのが一つのやり方です。
一方で、例えば形態などに注目するなら、それぞれの画像は綺麗に取得できるように個別に調整して、
形状をできるだけ忠実に抽出して解析するというのもありです。

個々の実験デザインや目的に大きく依存するので手順として一般的なことは言えないと思いますが、
考え方や方針をはっきりさせた後、手順を細かく記述することで、他の研究者が再現できることが基本だと思います。

あとは、蛍光ビーズなど、値の基準となるものを含めるとかもありです。
実験系によって対策は様々なので、実験方法それぞれでやり方は変わると思います。

塚田　祐基

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