PTA2を作ってみました

[あらよし]

みなさま、

常日頃お世話になっております。細胞工学で紹介させていただいた、輝点追跡プラグインPTAの後継バージョンを作ってみました。

https://github.com/arayoshipta/PTA2

(jar フォルダにPTA2_0.5.0-SNAPSHOT.jarがあります）

前バージョンとの違いとしては、

1. JNI用のライブラリ (.dllなど）が不要になった
2. 輝点のイニシャルな検出をFind Maximaを使うようにした
3. Trackの簡単なエディットができるようになった（Delete, Split, Concatenate）
4. Macroからも動かすことができるようになった（バッチ処理用）。

などです。特に１については、以前三浦さんより紹介して頂いたApache commons math3を使ってようやく実装しました。導関数を記述しているためかわかりませんが、以前のCMINPACKを使ったバージョンにくらべ、フィッティングの際のIterationの回数が1/5程度になり、速度的にもほとんど問題なくなりました。

まだSNAPSHOTバージョンということで、足りない点・不具合などもあるかと思いますが、興味のある方は試してみてください。FijiのPluginsフォルダーに放り込めばそのまま使えます。

よろしくお願いします。

新井

[Kota Miura]

新井さん

インストールの機種依存性がなくなったようで、すばらしいと思います。コンパイルの環境は、Java8でしょうか。もし時間があったら、Fijiのアップデートサイトに登録してみたらどうでしょう。

コードみてコンパイルしてからもう少し役に立つお返事しようかと思っていましたが、そうすると遅くなりそうなので、とりあえずお返事します。 

三浦

[あらよし]

三浦さん、

Eclipseの設定みると、　コンパイラーは1.6になってました（あんまり気にしてませんでした）。Java8の方がいいでしょうか。

変な事はしていないと思うので、多分動くと思います。登録して反応をみてみるのもいいですね。

宜しくお願いします。

新井