3D viewerのエラーについて

[河村峻太郎]

お世話になっております。3D viewerを開こうとすると、以下のようなエラーが表示されて上手くいきません。

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ImageJ 2.9.0/1.53t; Java 1.8.0_202 [64-bit]; Mac OS X 10.16; 1396MB of 4921MB (28%) java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ij3d.Image3DUniverse at ij3d.ImageJ3DViewer.run(ImageJ3DViewer.java:60) at ij3d.ImageJ_3D_Viewer.run(ImageJ_3D_Viewer.java:37) at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:237) at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:203) at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:192) at net.imagej.legacy.command.LegacyCommand.run(LegacyCommand.java:57) at org.scijava.command.CommandModule.run(CommandModule.java:196) at org.scijava.module.ModuleRunner.run(ModuleRunner.java:163) at org.scijava.module.ModuleRunner.call(ModuleRunner.java:124) at org.scijava.module.ModuleRunner.call(ModuleRunner.java:63) at org.scijava.thread.DefaultThreadService.lambda$wrap$2(DefaultThreadService.java:225) at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624) at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)

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こちらを解決するにはどうすればよいでしょうか。

なお、以下の解決策を自分で試しました。

• Fijiをアップデートして再起動

また、環境は以下の通りです。

• macOS Monterey (ver 12.4)
• ImageJ2 (ver 2.9.0/1.54c)

ご教示の程をよろしくお願い致します。

[Kota Miura]

河村さん

こんにちわ。

プラグインのフォルダーに入っている3D_Viewerのバージョンは

plugins/3D_Viewer-4.0.3.jar

でしょうか。Fiji.appを右クリックして、"show package contents"を選ぶと、Fiji.appの中のフォルダが開きます。

ひとまずチェックしてみてください。

三浦

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このメールは Google グループのグループ「ImageJ-jp」に登録しているユーザーに送られています。
このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには imagej-jp+...@googlegroups.com にメールを送信してください。
このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/b1e5bbd5-34a6-488b-b975-d43996cd00dfn%40googlegroups.com にアクセスしてください。

[河村峻太郎]

三浦様

早速ご返信いただきありがとうございます。

今チェックしてみたところ、3D_Viewerのバージョンは

plugins/3D_Viewer-4.0.3.jar

でした。

2023年3月18日土曜日 7:22:15 UTC+9 kota...@gmail.com:

[Kota Miura]

河村さん

了解です。当方でも同じプラグインのバージョンです。

ImageJ3DUniverseというクラスがみつからない、といっているので、もう少し直接立ち上げるテストをするため、添付のJythonで書いた3Dviewerを立ち上げるスクリプトを走らせてみてください。デモ画像をネットからロードするので、インターネットに接続した環境で実行してみてください。

test3Dviewer.pyのファイルをFijiのメニューバーにドラッグ＆ドロップすると、コードが開きますので"Run"というボタンを押してみてください。エラーが出たら、コードの下に出力されるので、それをお知らせください。

三浦

このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/imagej-jp/071949d4-3886-40a3-8eb9-e97d27abc920n%40googlegroups.com にアクセスしてください。

[Kota Miura]

河村さん

お返事に付け加え忘れましたが、私の方はFijiのバージョン等は同じで、3D Viewerはうごいています。

さきほどのスクリプト以外に、試してほしいのは

[Plugins > Utilities > Debugging > Test Java3D]

と

[Plugins > Utilities > Debugging > Test Marching Cubes]

です。動くかどうか、と、動かなかったらエラーメッセージをお知らせください。

あと、Fiji.appの中にあるjarsというフォルダに、Java3D 関係の以下のファイルはありますか。

gluegen-rt-2.4.0-rc-20210111.jar
jogl-all-2.4.0-rc-20210111.jar
j3dcore-1.6.0-scijava-2.jar
j3dutils-1.6.0-scijava-2.jar

数字の部分がバージョンなので、それが同じかどうか、比較してみてください。

三浦

[河村峻太郎]

三浦様

詳細にご教示いただき、大変助かります。ありがとうございます。

いただいたpyファイルを走らせた結果、エラー文の冒頭に、

java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ij3d.Image3DUniverse

と記載されていました。

Test Java3Dを行った結果の、エラー冒頭文は以下の通りです。

java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class org.scijava.java3d.VirtualUniverse

Test Marching Cubesを行った結果の、エラー冒頭文は以下の通りです。

java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ij3d.Image3DUniverse

それぞれのコードの実行結果を添付いたします。

また、以下のjarファイルがjarsフォルダに含まれていることを確認いたしました。

gluegen-rt-2.4.0-rc-20210111.jar
jogl-all-2.4.0-rc-20210111.jar
j3dcore-1.6.0-scijava-2.jar
j3dutils-1.6.0-scijava-2.jar

お手数おかけしますが、ご確認の程をよろしくお願い致します。

2023年3月18日(土) 23:35 Kota Miura <kota...@gmail.com>:

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河村峻太郎

[Kota Miura]

河村さん

いろいろなテストの結果を眺めた印象ですが、3D Viewer本体や関連するライブラリが壊れているのではなく、インストールしている別のなんらかのプラグインとのコンフリクトで、3D Viewer関連のクラスがマスクされているのではないか、と思っています。そうでなければ、あまりないことですが、3D Viewer本体や関連するライブラリのどれかが壊れている、ということになります。

以下のケースとかは似たようなエラーになる。

https://forum.image.sc/t/imagej-3dviewer-error/30808/3

とすると、次に試したらよいと思うのは、

1. Fijiを新たにダウンロードし、デスクトップにテスト用フォルダを作ってそこに新しいFiji.appを移す。そのFiji.appをダブルクッリックで起動して、3D Viewerを立ち上げてみる。もしうまくいったら、OS環境の問題ではない。

もしこれがうまくいかなかったら、プラグイン自体がなんらかの理由で壊れているか、OS環境、特にJava3D関連を詳しく調べる必要があります。これにはかなり詳しい情報が必要になるのでまたお知らせください。

2.　もし1がうまくいくようであれば、今使っているFIjiで使っているプラグインをリストして、新しいFIji.appに一つづつインストールし、インストールのたびに3DViewerが動くかどうか確認してみることです。すべてOKでしたら、新しいFijiをそのまま使ったらよいと思います。こだわりがないのであれば、問題があるFiji.appは捨ててもいいでしょう。コンフリクトが生じるプラグインがみつかったらお知らせください。

三浦

[河村峻太郎]

三浦様

ご教示いただきありがとうございます。

Fijiを新たにインストールしてみたところ、問題なく3D viewerが立ち上げられたので、アプリを入れ替えて使用してみることにしました。

OS環境には問題がないことも分かり、安心いたしました。

大変勉強になりました。

2023年3月20日(月) 6:38 Kota Miura <kota...@gmail.com>:

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河村峻太郎

[Kota Miura]

河村さん

了解です。よかったです。

三浦