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-- Prof. Dr.med. Thomas Schrader Pathologist, Computer Scientist Department Informatics and Media University of Applied Sciences Brandenburg Magdeburger Str. 50 14770 Brandenburg Germany Deutsches Nierenbiopsieregister www.nierenregister.org www.nierenbiopsieregister.org Leitung: Prof.Dr. Amann & Prof.Dr. Erley Technischer Leiter contact: Mail: thomas....@computer.org Mobile: ++49+17696906763 Tel.: +49 (0)3381-355 423 Fax: +49 (0)3381-355 199
| Fully Specified Name: | Breast quadrant (body structure) | |
| ConceptId: | 272670002 |
| Fully Specified Name: | Segmentectomy of breast (procedure) | |
| ConceptId: | 237370008). |
Lieber Herr Oemig, lieber Herr Sabutsch, lieber Herr Schrader,
ich bin sehr froh, dass sich nun etwas Konkreteres mit IHE anbahnen lässt, wie im thread "questions on grids ..."auf anatom...@lists.hl7.org zu sehen ist.
Verzeihen Sie mir bitte meine Kenntnislücken, die ich vor einer möglichen Telefonkonferenz mit Frau Christel gern etwas geschlossen hätte.
- Herr Oemig, Sie haben in o.g. Beitrag an Frau Christel festgestellt, the only bigger differences are the understanding of document types (we do have a different set), was ich so nicht erkennen konnte. Wir haben beide nur einen Typ (oder
Typklasse) definiert, LOINC 11526-1. Die Gliederung des entsprechenden Leitfadenkapitels stimm so nicht, Zweit- Nach- Konsultationsberichte etc. haben dennoch denselben Dokumententyp. Vielleicht sollte man hier die IHE use cases
unterbringen, die genau auf diese problematik eingehen? Die Vielzahl von organspezifischen IHE-Profilen haben auch alle denselben Dokumententyp. Wie wir auf das Profilproblem reagieren sollte, habe ich allerdings keine rechten Vorstellungen. Ist es verboten, organspezifische Informationen im generic template unterzubringen?
- die zweite größere Differenz haben Sie beim specimen handling ausgemacht. Das sehe ich gar nicht so different, weil die IHE-Lösung mit specimen information organizer und dort drin genestetem specimen collectioon procedure template eigentlich auch bei uns und ELGA funktionieren müsste, ohne die Vorarbeiten der österreichischen Pathologen wegzuwerfen. Ich hatte ja
mal von einem Triplet von Informationen gesprochen (Gewebe, Lokalisation, Entnahmeart), die bei IHE nur ein Duplet sind aus collection procedure und target site. Wenn man die SNOMED CT Achsen "Body structure" und Procedure" mit entsprechenden Qualifiern nutzt, kann man Gewebe und Ort codieren (falls ich das richtig verstehe, z.B.
Fully Specified Name: Breast quadrant (body structure) ConceptId: 272670002
Fully Specified Name: Segmentectomy of breast (procedure) ConceptId: 237370008).
Nur das Organigramm in APSR 6.2.6.5.1-1 macht mich unsicher, weil ich hier nicht erkennen kann, ob die organspezifischen Module dabei essentiell sind.
Es gibt im Leitfaden Pathologiebefund noch keine genauer spezifizerten Lösungen, lediglich beim Material ist das skizziert. Ich würde aber entgegen früherer Pläne keine eigenständige Section Material mehr vorsehen.
Auf Ihre Antworten bin ich sehr gespannt und vertreibe mir eine kleine Grippeauszeit mit weiteren Fingerübungen am Leitfaden.
Ihr
G.Haroske
P.S. Ich würde gern einige Sections bzw. Entries anders benennen, aber es gelingt mit nicht, in den Überschriften oberhalb des Querstrichs zu editieren.
Am Mittwoch, 6. März 2013 15:24:10 UTC+1 schrieb Gunter Haroske:Lieber Herr Schrader,
Sie haben hoffentlich Ihr Gepäck schon abstellen können, bevor ich Sie mit den ersten Fragen nerve.
Zur APSR-Systematik:
- Gibt es einen plausiblen Grund, weshalb in der Report Textual Summary Subsection keine entries vorkommen dürfen, obwohl dort gerade Dinge wie synoptische Tumorformeln vom Einsender gern gesehen (und angefordert) werden? Stattdessen muss das irgendwie in die Diagnosis Section als Entry kommen, der bisher wenig klassifikationsgerecht gedacht scheint und außerdem dort eine Materialbindung hat, also der Synopse nicht gut gerecht wird. Bitte schauen Sie sich mal daraufhin meinen vorschlag im wiki an.
- Entries sind materialgebunden für fünf Sections des APSR spezifiziert, allerdings ist nur der Specimen Diagnosis Entry durch ein Beispiel hinterlegt. Bei den vier anderen wird auf separate files verwiesen, die allerdings nicht referenziert sind. Gibt es die überhaupt schon?
- Cancer Check Lists sollen in die Diagnosis Section eingebunden werden. Allerdings ist das nicht spezifiziert. Gibt es da schon Vorschläge?
- für die Intraoperative Observation Section fehlt ein LOINC-Code, der beim Regenstrief-Institut nachgefragt werden soll. Gibt es da schon ein Ergebnis?
- die Organspezifischen APSR Content Modules entsprechen dem generischem, habe allerdings spezifische Einschränkungen, die ich nicht genau herausfinden kann. Sind sie verpflichtend bei Berichten im entsprechenden Organgebiet, oder optional?
Einen guten Start und
à bientôt
Ihr
G.Haroske
--
Lieber Herr Haroske,
danke. Meine Antworten bitte unten nachlesen.
viele Grüße
Frank Oemig
Am 12.03.2013 12:25, schrieb Gunter Haroske:Lieber Herr Oemig, lieber Herr Sabutsch, lieber Herr Schrader,...vielleicht können wir die Zeit, die Thomas Schrader in Paris weilt, weiter so nutzen..
ich bin sehr froh, dass sich nun etwas Konkreteres mit IHE anbahnen lässt, wie im thread "questions on grids ..."auf anatom...@lists.hl7.org zu sehen ist.
Das war jetzt relativ schnell aus der Hüfte geschossen. Ich war der Meinung, dass wir hier unterschiedliche Dokumenttypen haben. Wenn nicht, umso besser. Dann kann man hier ja gut "nachgeben".
Verzeihen Sie mir bitte meine Kenntnislücken, die ich vor einer möglichen Telefonkonferenz mit Frau Christel gern etwas geschlossen hätte.
- Herr Oemig, Sie haben in o.g. Beitrag an Frau Christel festgestellt, the only bigger differences are the understanding of document types (we do have a different set), was ich so nicht erkennen konnte. Wir haben beide nur einen Typ (oder
korrektTypklasse) definiert, LOINC 11526-1. Die Gliederung des entsprechenden Leitfadenkapitels stimm so nicht, Zweit- Nach- Konsultationsberichte etc. haben dennoch denselben Dokumententyp. Vielleicht sollte man hier die IHE use cases
Ich habe hier relativ viele organspezifische Templates im Kopf. Die müssen irgendwo Anwendung finden, sonst machen die keinen Sinn. Wenn es aber so viele sind, dann ist die Nutzung sehr schweirig weil aufwändig. Und wartbar ist das auch nicht. Deshalb hatten wir uns in Deutschland dagegen entschieden.unterbringen, die genau auf diese problematik eingehen? Die Vielzahl von organspezifischen IHE-Profilen haben auch alle denselben Dokumententyp. Wie wir auf das Profilproblem reagieren sollte, habe ich allerdings keine rechten Vorstellungen. Ist es verboten, organspezifische Informationen im generic template unterzubringen?
Das müsste aber verifiziert werden.
müsste ebenfalls verifiziert werden. Je mehr man unverändert übernehmen kann, desto besser.
- die zweite größere Differenz haben Sie beim specimen handling ausgemacht. Das sehe ich gar nicht so different, weil die IHE-Lösung mit specimen information organizer und dort drin genestetem specimen collectioon procedure template eigentlich auch bei uns und ELGA funktionieren müsste, ohne die Vorarbeiten der österreichischen Pathologen wegzuwerfen. Ich hatte ja
Das lässt sich da auch nicht auslesen. Das steht in 6.2.6.5.3-1. Allerdings ist hier anzumerken, dass die technische Terminologie nicht stimmt: Die stammt aus HL7 v2, wir reden hier aber über CDA, d.h. V3.mal von einem Triplet von Informationen gesprochen (Gewebe, Lokalisation, Entnahmeart), die bei IHE nur ein Duplet sind aus collection procedure und target site. Wenn man die SNOMED CT Achsen "Body structure" und Procedure" mit entsprechenden Qualifiern nutzt, kann man Gewebe und Ort codieren (falls ich das richtig verstehe, z.B.
Fully Specified Name: Breast quadrant (body structure) ConceptId: 272670002
Fully Specified Name: Segmentectomy of breast (procedure) ConceptId: 237370008).
Nur das Organigramm in APSR 6.2.6.5.1-1 macht mich unsicher, weil ich hier nicht erkennen kann, ob die organspezifischen Module dabei essentiell sind.
ok
Es gibt im Leitfaden Pathologiebefund noch keine genauer spezifizerten Lösungen, lediglich beim Material ist das skizziert. Ich würde aber entgegen früherer Pläne keine eigenständige Section Material mehr vorsehen.
Wenn wir jetzt alles entfernen, was wir von APSR übernehmen wollen, was bleibt dann übrig?
Auf Ihre Antworten bin ich sehr gespannt und vertreibe mir eine kleine Grippeauszeit mit weiteren Fingerübungen am Leitfaden.
Ihr
G.Haroske
P.S. Ich würde gern einige Sections bzw. Entries anders benennen, aber es gelingt mit nicht, in den Überschriften oberhalb des Querstrichs zu editieren.--
Am Mittwoch, 6. März 2013 15:24:10 UTC+1 schrieb Gunter Haroske:Lieber Herr Schrader,
Sie haben hoffentlich Ihr Gepäck schon abstellen können, bevor ich Sie mit den ersten Fragen nerve.
Zur APSR-Systematik:
- Gibt es einen plausiblen Grund, weshalb in der Report Textual Summary Subsection keine entries vorkommen dürfen, obwohl dort gerade Dinge wie synoptische Tumorformeln vom Einsender gern gesehen (und angefordert) werden? Stattdessen muss das irgendwie in die Diagnosis Section als Entry kommen, der bisher wenig klassifikationsgerecht gedacht scheint und außerdem dort eine Materialbindung hat, also der Synopse nicht gut gerecht wird. Bitte schauen Sie sich mal daraufhin meinen vorschlag im wiki an.
- Entries sind materialgebunden für fünf Sections des APSR spezifiziert, allerdings ist nur der Specimen Diagnosis Entry durch ein Beispiel hinterlegt. Bei den vier anderen wird auf separate files verwiesen, die allerdings nicht referenziert sind. Gibt es die überhaupt schon?
- Cancer Check Lists sollen in die Diagnosis Section eingebunden werden. Allerdings ist das nicht spezifiziert. Gibt es da schon Vorschläge?
- für die Intraoperative Observation Section fehlt ein LOINC-Code, der beim Regenstrief-Institut nachgefragt werden soll. Gibt es da schon ein Ergebnis?
- die Organspezifischen APSR Content Modules entsprechen dem generischem, habe allerdings spezifische Einschränkungen, die ich nicht genau herausfinden kann. Sind sie verpflichtend bei Berichten im entsprechenden Organgebiet, oder optional?
Einen guten Start und
à bientôt
Ihr
G.Haroske
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Value Sets von APSR!). Das scheint mir unsinnig. Warum das dennoch so gemacht wurde, muss mit Frau Daniel diskutiert
werden. Vielleicht haben wir den intelligenten Ansatz nur nicht verstanden :)!
Im Übrigen sind die Checklisten das für die deutsche Pathologie Interessanteste!
Am besten wäre es, es gäbe an nationale Erfordernisse angepasste Checklisten (dieser Begriff ist aber nicht definiert), die sich aus allgemeingültigen Terms zusammensetzen (z.B.auch für die Tumorklassifikation) und nur punktuell um notwendige, wirklich organspezifische Terms ergänzt werden, wie z.B. von mir in die Assessment Scales eingeschobene Gradingsysteme. Die Mehrzahl der organspezifischen Terms wäre damit schlicht überflüssig!
müsste ebenfalls verifiziert werden. Je mehr man unverändert übernehmen kann, desto besser.
- die zweite größere Differenz haben Sie beim specimen handling ausgemacht. Das sehe ich gar nicht so different, weil die IHE-Lösung mit specimen information organizer und dort drin genestetem specimen collectioon procedure template eigentlich auch bei uns und ELGA funktionieren müsste, ohne die Vorarbeiten der österreichischen Pathologen wegzuwerfen. Ich hatte ja
bitte nochmal in die aktuelle Version des Materialkapitels sehen.
Das lässt sich da auch nicht auslesen. Das steht in 6.2.6.5.3-1. Allerdings ist hier anzumerken, dass die technische Terminologie nicht stimmt: Die stammt aus HL7 v2, wir reden hier aber über CDA, d.h. V3.mal von einem Triplet von Informationen gesprochen (Gewebe, Lokalisation, Entnahmeart), die bei IHE nur ein Duplet sind aus collection procedure und target site. Wenn man die SNOMED CT Achsen "Body structure" und Procedure" mit entsprechenden Qualifiern nutzt, kann man Gewebe und Ort codieren (falls ich das richtig verstehe, z.B.
Fully Specified Name: Breast quadrant (body structure) ConceptId: 272670002
Fully Specified Name: Segmentectomy of breast (procedure) ConceptId: 237370008).
Nur das Organigramm in APSR 6.2.6.5.1-1 macht mich unsicher, weil ich hier nicht erkennen kann, ob die organspezifischen Module dabei essentiell sind.
ich nehme an, Sie beziehen sich auf die Anmerkung V4 in der Tabelle, und dort steht "For a generic AP structured report (1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.1.1) or a generic AP structured cancer report (1.3.6.1.4.1.19376.1.8.1.1.2), the value set for specimen type is the Specimen axis of SNOMED CT. "! Den verbindlichen Einsatz habe ich bisher nicht gefunden.
ok
Es gibt im Leitfaden Pathologiebefund noch keine genauer spezifizerten Lösungen, lediglich beim Material ist das skizziert. Ich würde aber entgegen früherer Pläne keine eigenständige Section Material mehr vorsehen.
Wenn wir jetzt alles entfernen, was wir von APSR übernehmen wollen, was bleibt dann übrig?
unsere Vorschläge zur Tumorklassifikation, die Ansätze für die Immunhistologie, organspezifische Terminologieerweiterungen,
und der veränderte Ansatz zwischen "generisch" und "organspezifisch" . Und doch wohl auch die Übertragung ins Deutsche!?
--
Auf Ihre Antworten bin ich sehr gespannt und vertreibe mir eine kleine Grippeauszeit mit weiteren Fingerübungen am Leitfaden.
Ihr
G.Haroske
P.S. Ich würde gern einige Sections bzw. Entries anders benennen, aber es gelingt mit nicht, in den Überschriften oberhalb des Querstrichs zu editieren.--
Am Mittwoch, 6. März 2013 15:24:10 UTC+1 schrieb Gunter Haroske:Lieber Herr Schrader,
Sie haben hoffentlich Ihr Gepäck schon abstellen können, bevor ich Sie mit den ersten Fragen nerve.
Zur APSR-Systematik:
- Gibt es einen plausiblen Grund, weshalb in der Report Textual Summary Subsection keine entries vorkommen dürfen, obwohl dort gerade Dinge wie synoptische Tumorformeln vom Einsender gern gesehen (und angefordert) werden? Stattdessen muss das irgendwie in die Diagnosis Section als Entry kommen, der bisher wenig klassifikationsgerecht gedacht scheint und außerdem dort eine Materialbindung hat, also der Synopse nicht gut gerecht wird. Bitte schauen Sie sich mal daraufhin meinen vorschlag im wiki an.
- Entries sind materialgebunden für fünf Sections des APSR spezifiziert, allerdings ist nur der Specimen Diagnosis Entry durch ein Beispiel hinterlegt. Bei den vier anderen wird auf separate files verwiesen, die allerdings nicht referenziert sind. Gibt es die überhaupt schon?
- Cancer Check Lists sollen in die Diagnosis Section eingebunden werden. Allerdings ist das nicht spezifiziert. Gibt es da schon Vorschläge?
- für die Intraoperative Observation Section fehlt ein LOINC-Code, der beim Regenstrief-Institut nachgefragt werden soll. Gibt es da schon ein Ergebnis?
- die Organspezifischen APSR Content Modules entsprechen dem generischem, habe allerdings spezifische Einschränkungen, die ich nicht genau herausfinden kann. Sind sie verpflichtend bei Berichten im entsprechenden Organgebiet, oder optional?
Einen guten Start und
à bientôt
Ihr
G.Haroske
Sie haben diese Nachricht erhalten, weil Sie der Google Groups-Gruppe IHE-D Pathologiebefund beigetreten sind.
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Hier muss zwischen Value Sets und Codesystems differenziert werden. So sind die drei UICC Ausgaben 3 Codesystem. Und Teile davon sind dann bspw. die T-Werte. Für jede Ausgabe gibt es dann also ein Value Set. Und das für alle Teile.Value Sets von APSR!). Das scheint mir unsinnig. Warum das dennoch so gemacht wurde, muss mit Frau Daniel diskutiert
So haben wir das jedenfalls gelöst, was mir als relativ konsequent und logisch erscheint.