Formato de entrada IGV

[indizível]

Oi pessoal,

Instalei recentemente o IGV 2.6.3 a partir do arquivo "IGV para Windows" em uma máquina com Windows 10. Eu gostaria de carregar os genomas de referência depositados no SoyBase (https://soybase.org/dlpages/), de Glycine max (Wm82.a1, Wm82.a2, Wm82.a4, Lee.a1, ZH13.a1) e Glycine soja (PI483463.a1, e W05.a1), no entanto quando carrego em "File>Load From File..." ele não suporta o arquivo, pois está com a extensão incompatível, que no caso é um Arquivo FNA (Lee.a1_glyma.Lee.gnm1.BXNC.genome_main.fna). Teria como converter para .bam e .bai?

[James Robinson]

Hi, apologies my Portugese is not good.   To load a reference use "Genomes > Load Genome. from File...".   The ".fna" files are fasta files.    After the reference seqiemce is loaded (the genome fasta file) you can load annotations and other files, such as alignments (BAMs) from the File menu.  

On Tue, Feb 18, 2020 at 7:30 PM indizível <brunab...@gmail.com> wrote:

Oi pessoal,

Instalei recentemente o IGV 2.6.3 a partir do arquivo "IGV para Windows" em uma máquina com Windows 10. Eu gostaria de carregar os genomas de referência depositados no SoyBase (https://soybase.org/dlpages/), de Glycine max (Wm82.a1, Wm82.a2, Wm82.a4, Lee.a1, ZH13.a1) e Glycine soja (PI483463.a1, e W05.a1), no entanto quando carrego em "File>Load From File..." ele não suporta o arquivo, pois está com a extensão incompatível, que no caso é um Arquivo FNA (Lee.a1_glyma.Lee.gnm1.BXNC.genome_main.fna). Teria como converter para .bam e .bai?

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[Bruna Avelino]

Bom dia, sem problemas, consegui entender. Então, quando faço isso, ele carrega o arquivo FNA, porém ele está incoerente. Pois o próprio IGV traz o genoma Glycine max (W82.a2.v1), com os 20 cromossomos, além dos scaffolds. Porém quando uso teoricamente o mesmo arquivo com o objetivo de comparar para ver se está correto (Wm82.a2_glyma.Wm82.gnm2.DTC4.genome_main.fna) ele fica todo confuso (como nas imagens em anexo) e não representa o que de fato é real. Você acredita que o problema seja o arquivo, ou será que é necessário fazer alguma modificação, além de descompactar?

[James Robinson]

Its the file,  I think this is the file you should use:   glyma.Wm82.gnm1.FCtY.genome_main.fna.  Any further questions about files should be directed to the Soybase site.

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[Bruna Avelino]

O problema estava no arquivo mesmo, mas obrigada pela ajuda, agora sei o caminho o qual devo adicionar os genoma de referência.

Em quarta-feira, 19 de fevereiro de 2020 00:30:37 UTC-3, Bruna Avelino escreveu:

[brunab...@gmail.com]

Muito obrigada pela ajuda rápida '-'

Em quarta-feira, 19 de fevereiro de 2020 00:30:37 UTC-3, Bruna Avelino escreveu: