Resultados de beta galactosidasa

[Sebastian Alvarez]

Se hizo una prueba para probar el constructo de la b-galactosidasa, se indujo y se midio el OD a 250 nm (según lo expuesto en la wiki) para detectar la presencia del producto de la enzima, adjunto los resultados. También ya se había crecido e inducido otras colonias que mostraron color azul, también se les midio el OD a 250 nm, finalmente estas mismas se centrifugaron y midio el OD del sobrenadante (resultados adjuntos en el excel en la segunda pestaña).

Alguien que no este muriendo de sueño que revise bien los resultados y su interpretación, pero me parece que los resultados muestran algo muy similar a lo que esperabamos, que la beta-galactosidasa funcionara mejor dentro del carbo.

Saludos.

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Sebastián Alvarez Miranda
Undergraduate, Biological Sciences
Pontifical Catholic University of Chile

[Valentina Frenkel]

Buen trabajo en el lab :') lloraré

Soy un poco despistada con los nombres, esto es transformación (h2) y cotransformación (h2+rfp) entonces? pero qué es exactamente el positivo y el negativo?

Pero si queríamos valores más altos con la co-transformación, lo que dio si tiende a ser mayor :D eh eh eh (qué tan significativo son la diferencia de valores obtenidos? O: )

habría que graficalro bonito y para el ppt >.< (y con un chicle pegado al poster? xD)

y vamos equipo que se puede!! >u< 

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[Josefina Philippi]

amo ese cangrejo vale!!! 

me uno a las dudas tecnicas de la vale.

se podra hacer un analisis estadistico de los resultados para ver la significancia??

2013/10/4 Valentina Frenkel <valentin...@gmail.com>

[Ilenne Del Valle]

alguien en cc que se los mostrara a RG para ver que opina????

Ilenne Del Valle Kessra

Undergraduate Student
College of Science and Mathematics

iGEM UC_Chile 2013
Catholic University of Chile

Phone: (56) 9-3402849

"Please write my name correctly otherwise I will not bother answering your email". 

"Por favor escriba mi nombre de forma correcta de otro modo no me dignaré a contestar su email".

[Ilenne Del Valle]

negative supongo se refiere al pellet?? De ser asi ... negative tenia que dar mayor que positive ... que es lo que aparece en la tabla aunque no es por mucho ... alguien le puede sacar los datos estadisticos?

[Valentina Frenkel]

holi, pero tenemos datos de transformación, co-transformación, pero no de b-gal solita? ¿? (en la transformación va pegada a la rubisco no? quisas le quitamos eficiencia y de ahí se la regresamos xD pero bueno, i don't care xP )

yo.. yo recuerdo que hice proba y estadística alguna vez >_> pero siempre te dicen como distribuyen las cosas, o debes probar varios modelos y determinar cual da menos errores.. yo solo sé tirar el gráfico en excel xD

[Valentina Frenkel]

Algo así quedaría el gráfico? rayos, hay un par de puntos hacen que no se vea tanto la diferencia >_<

Asd y como barras tampoco queda cool u.u, le dejo esto a la belén mejor xD

[Josefina Philippi]

alguien con pc podria bajar el trial de minitab para hacer los analisis??? no hay version mac!!

2013/10/4 Valentina Frenkel <valentin...@gmail.com>

[Valentina Frenkel]

lo voy a descargar, es intuitivo?

[Magdalena Ribbeck]

se ven bien los resultados! Eso sí, no entiendo por qué lo midieron a 250 nm... en la wiki salía a 650 nm xD pero bueno, tenemos algo de in vitro para mostrar y la enzima está funcional! Así que in vitro no es una volá que nos estamos pegando solamente y se lo podemos mostrar a los jueces >:) jaja

me sumo a la vale: sé trabajar con distribuciones probabilísticas que me dicen cuáles son y creeeeo que puedo hallar una distribución también si busco mi cuad. de proba y recuerdo eso... pero no sé qué análisis se le hace a estos datos... desviación estándar?
*Stupid Proba*

2013/10/4 Josefina Philippi <joseph...@gmail.com>

[Josefina Philippi]

hay diferentes test q ven diferencia estadistica, pero no e acuerdo cm se llaman!!! jaja y dependen de si la variable es continua o no... 

el minitab igual es piola intuitivo, lo q si no me acuerdo si te dice para q es cada test estadistico

2013/10/4 Magdalena Ribbeck <msri...@uc.cl>

[Belen Cespedes]

Estoi tratando de trabajar los daots.. o.0

Belén Céspedes P.

iGEM_UC Chile 2013 Team
www.igemuc.cl
www.animaliauc.cl
Estudiante Licenciatura Fisica
Pontificia Universidad Católica de Chile

[javier cillero]

yo estoy en el lab le preguntare al profe cuando llegue que ensayo estadistico hacer.. creo que habria que hacer un t de student peor no estoy seguro

[Valentina Frenkel]

entonces belén te lo delegamos a ti? el tonto programa me pide mil cosas para descargarlo >_>

nos cuentas que te dice el profe lero xP

[Josefina Philippi]

preguntale a la gente del tb si se les ocurre q hacer cn esos datos... 

q hacemos cn lo q dice la maida, de la longitud de onda q se uso? jaja.. 250nm nos sirve igual?

2013/10/4 javier cillero <lero....@gmail.com>

[Josefina Philippi]

pero si no pide nada el free trial del minitab!!!! 

opino q la belen no lo haga y q practique.. dp les decimos los resultados a presentar... es mi humilde opinion

2013/10/4 Valentina Frenkel <valentin...@gmail.com>

[Belen Cespedes]

q mierda es un t de student xD?

Toi tratando de pelear cn excel, voi a probar cn otro programa pro anyway poq me esta superando la estupidez de office ¬¬

[Valentina Frenkel]

maida y si nos colamos donde algun profe de estadística? lalala xD o no conoces a alguien que sea pro para esto?

[Magdalena Ribbeck]

a mí me suena t student... así como que alguna vez lo vi... ahora, yo pensaba que era para determinar otra cosa..... jajajaja vamos equipooooo

2013/10/4 Belen Cespedes <bely...@gmail.com>

[javier cillero]

el simon me dijo que sacaramos desviación estandar y dps hacer un t - de student , pero con un solo punto

el profe no esta

El 4 de octubre de 2013 10:40, Belen Cespedes <bely...@gmail.com> escribió:

[Ilenne Del Valle]

De hecho, ayer yo fui la que le di la idea a seba de hacerlo y vimos el documento juntos y vimos que era 650  la longitud de onda que se necesitaba ..... 

1) o despues lo re confirmo y leyo mal porque estaba cansado 

2) lo escribio mal en el mail 

Pero cuando yo me fui ayer seba sabia que era a 650

[Valentina Frenkel]

aaaaa D:

el programa me dio error al tratar de instalarlo u.u

[Magdalena Ribbeck]

wiki: t-student es para hallar el intervalo de confianza de los datos.

google: excel saca t-student.


vale, no me suena nadie que haya seguido viendo estadística luego de proba jaja... los industriales siguen viendo proba, pero no estadística, en estocásticos...

estoy jugando con excel ahora para ver lo del t-student

2013/10/4 javier cillero <lero....@gmail.com>

[javier cillero]

yo lo estoy haciendo con simon 

[Magdalena Ribbeck]

ya, mejor así... llegué a que me dice que elija entre 3 opciones de t-student y ya no sé qué hacer jaja

2013/10/4 javier cillero <lero....@gmail.com>

[javier cillero]

ya chiquillos .. malas news con la estadística de la cosa .. no son significativos las variables pro que tenemos un numero de repeticiones demasiado pequeño y las desviaciones estandar son altisimas. esto produce que las varianza se dispare y no podamos comparar bien los datos. Estos resultados para la estadísticas son producto del azar!!! u.u 

Ahí hay que hablar con el profe .. que no está para ver que se peude hacer para presentarlos pero lo veo dificil :S.

La única forma de presentarlos a mi gusto sería como tendencia.. pero al ver las desviaciones estandar .. nos vamos al carajo.... no creo que exista la posibilidad de repetir el experimento tampoco. 

[Valentina Frenkel]

mh, pero igual se puede presentar el resultado, onda con un "no existe significancia estadística, pero no disminuye ;D y mantiene su funcionamiento" (lo que es importante también de mostrar) si al final nuestra propuesta es más por el lado de hacer las cosas in vitro y optimizar rutas que optimizar solo las reacciones, no?

[Valentina Frenkel]

(si cierto profesor viera esto diría que hay una clara diferencia y que el whateversisoma supera por mucho a la b-gal solita xD verdad maida? )

[Belen Cespedes]

No estoi entendiendo poq queremos hacer un analisis estadistico de esto.. no podemos tener buenos resultados si tenemos pocas muestras, y mas que tener un analisis diferencial necesitamos una respuesta postiva o negativa, que en este caso sucede..

Yo no me guiaria ni nombraria los analisis estadisticos.

[Josefina Philippi]

PAUSA!!!! 

esta mal hecho el analisis... obvio q las DE son grandes, si la cosa va a aumentando si o si!!! 

hay q correr una regresion y aplicarle los estadigrafos a la regresion. viendo el Rcuadrado y esas cosas.... 

2013/10/4 Valentina Frenkel <valentin...@gmail.com>

[Magdalena Ribbeck]

bueno, creo que, si bien no sabemos si es mejor o peor, al menos sí podemos asegurar que b-gal está funcionando, no? y eso es un buen principio para in vitro.

(Y... es verdad, cierto profesor hallaba relaciones lineales en un mapa de puntos random xD 20% de correlación era significativo para él jaja)

2013/10/4 Valentina Frenkel <valentin...@gmail.com>

[Magdalena Ribbeck]

cómo es eso jose? una regresión lineal aproximando los puntos? hmm.... pero igual cada punto tendrá su desviación estándar.... ahora, claro, que si nos da un Rcuadrado alto... hmm... podría probarse y ver si nos da algo lindo?

2013/10/4 Josefina Philippi <joseph...@gmail.com>

[Magdalena Ribbeck]

una línea de tendencia cuadrática se ajusta con un Rcuadrado=0,9785 a los datos positivos de H2+CRFP... eso quiere decir que sí hay correlación entre los datos... podríamos presentar resultados de es estilo?

2013/10/4 Magdalena Ribbeck <msri...@uc.cl>

[javier cillero]

me dijeron que mejor hacer un ANOVA de análisis de medidas repetidas.. pero no tengo pico idea como hacerlo!!!!!... 

y no me he podido bajar el minitab

[Josefina Philippi]

maldito minitab!!! 

segun yo es facil bajar el trial

2013/10/4 javier cillero <lero....@gmail.com>

[Magdalena Ribbeck]

nunca he escuchado ANOVA :S Jose, tú no conoces más de esas cosas por los cursos de economía, o no tiene nada que ver?

2013/10/4 javier cillero <lero....@gmail.com>

[javier cillero]

yo se supone que tube un curso de bioestadisticas que usan todo el rato anovas... lo hice hace 3 años y por supuesto no recuerdo nada! ... 

[Josefina Philippi]

ANOVA se ve en bioestadisticas y no me acuerdo nada mucho de ese ramo de segundo!! jajaj 

2013/10/4 Magdalena Ribbeck <msri...@uc.cl>

[Ilenne Del Valle]

Porque no piden el JMP abajo los que estan en casa central??? es mucho mas facil de usar que el minitab ... y ellos mismos te pueden sugerir que test usar (se pide al lado de la sala de estudio de biologia y son super buena onda) ....

[Ilenne Del Valle]

Instalen el JMP (no hay version para mac) ahi para hacer el ANOVA hay que apretar un boton no mas jajajaja !

Cuidado eso si de sacar la distribucion de los datos... que puede que no se ajuste a una distribucion normal y ahi se ajusta a otro tipo de test estadisticos

[javier cillero]

de los resultados del protocolo para ver las proteinas del carbo....

Bad news... en la fase soluble no hay casi ninguna proteína del carbo.. y en la fase insoluble estan todas las proteinas lindas y preciosas pero en la fase insoluble lo que implicaría que estan formando cuerpos de inclusion. 

Sobre eso el gel se está secando y estará listo en unas 4 horas más !! que hago pensabamos almorzar juntos y blabla quizas podria dejarle la pega de que lo saquen en unas 4 horas mas a alguien pero no c :S 

[Ilenne Del Valle]

Hasta que paso del protocolo lo hicieron? Porque no usaron la ultra centrifuga verdad? Estan seguros que se tenia que ver en esa frase .... 

[Ilenne Del Valle]

fase xD