Hola Ruben,
Si, a mi también me paso lo mismo.
El problema es que esa combinación de teclas ya las tienes asignadas por defecto para ejecutar otro comando, por tanto, el sistema operativo no se lo deja asignar al programa Notepad ++.
Tienes que ir donde se cambian los atajos de teclado dentro del programa Notepad++, Configuración/Gestor de atajos de teclado.../Plugin commands/. Una vez en esa lista, buscas los nombres usados por "Zen Coding" para realizar las diferentes acciones (Expand abbreviation) y modificas su combinación de teclas por una que no este ocupada. Ej. Ctrl + E.
Espero te sirva.
Un saludo.