Olás Melina e Gustavo,
Acho que a melhor abordagem depende muito do que você quer fazer (ok, duh). Pra páginas estáticas, acho que o jeito que o Gustavo fez é o mais simples e direto.
A gente usa o github pages pra
hospedar o Águas Futuras (
http://cantareira.github.io/), que é feito usando
rmarkdown. Acho que isso é vantajoso se você quiser integrar seu site com código em R que você já tem e inserir gráficos e tabelas. A gente usa uma biblioteca bem bacana pra gráficos interativos chamada dygraphs. No Readme
(
https://github.com/cantareira/cantareira.github.io/blob/master/README.md)
tem os pré-requisitos, embora parte deles seja específico pro nosso
site, e você não precisa instalar jekyll, ruby e nodejs localmente se
você não quiser ver como fica no seu computador antes de colocar no ar (ahn, não lá muito recomendável).
Dentro da pasta _src/ tem vários .Rmd que dá pra usar como exemplo
(embora você encontre facilmente outros mais simples por aí), enquanto que toda a customização do tema é feita com os arquivos na pasta _includes/. Apesar de o site ser atualizado diariamente, a estrutura toda ainda é a de um site estático, com um script que toma conta da atualização diária e de manter os menus e o sitemap atualizados. É um pequeno monstro, então não serve como um bom ponto de partida, mas tem várias soluções mais ou menos engenhosas que a gente teve que descobrir, então se precisar de dicas sobre coisas específicas que você precisa, talvez eu possa ajudar.
Finalmente, se você quiser fazer algo mais parecido com um blog, minha melhor experiência foi com o nikola (
https://getnikola.com/). Antes da criação do nbviewer eu fiz uma espécie de blog (
http://mathbio.github.io/), com direito a arquivo, comentários (usando disqus), tags etc., mas em que os posts eram escritos como ipython notebooks. Os arquivos-fonte estão em
https://github.com/mathbio/mathbio.github.io mas a melhor documentação do processo está em
https://github.com/renatocoutinho/githubio/blob/master/INSTALL.md. Claro que dá pra escrever novos posts em qualquer formato que o pandoc suporte, ou seja, qualquer formato.