А вообще, я довольно активно использую гис для подготовки данных и визуализации результатов. Правда,без особого интерактива: нарисовал карту — выгнал ее в дхф, посчитал результат — построил изолинии в surfer и загнал их в mapinfo. А использование гис в качестве полноценного препроцессора — имхо не особо удачная идея, т.к. заведомо ограничивает возможности modflow. Классический пример — упомянутый gms (а фактически это и есть маленький такой аркгис, только заточенный чисто под моделирование), в котором почти невозможно задать river в ячейку, минуя полилинии или зоны.
А вообще, modflow — понятие растяжимое. Вам к которому инструкция нужна?