Felipe,
uma ideia (que precisaria ser validada) para evitar que os CIs entrem em funcionamento seria aplicar 5V no pino testado e deixar todos os outros pinos abertos. Usando algum buffer tri-state, como o 74125, você conseguiria esse efeito. Bastaria ligar a saída de cada porta do 74125 a um pino do CI A. Depois, aplicaria 5V no primeiro pino e deixaria os demais em estado de alta impedância, e assim sucessivamente.
Esse esquema permitiria até mesmo que você testasse a continuidade entre pinos do mesmo CI. E, trabalhando com 5V, não precisaria de conversores para ficar reduzindo e elevando a voltagem.
Interessante o seu projeto. Você chegou a dar uma vasculhada na net? Pode ser que outras pessoas também enfrentaram esse problema, talvez lhe dê algumas ideias legais.