Cython errors when compiling h5py with pip

701 views
Skip to first unread message

Jason Greenlaw - NOAA Affiliate

unread,
Apr 29, 2020, 10:22:53 PM4/29/20
to h5py
Hello all,

I'm running into some odd Cython errors when attempting to compile h5py from scratch with pip, e.g.:

Error compiling Cython file:
------------------------------------------------------------
...


# --- open, open_by_name, open_by_idx ---

@with_phil
def open(ObjectID loc not None, char* name=NULL, int index=-1, *,                                                                                                                                     
                               
^

------------------------------------------------------------

h5py
/h5a.pyx:54:32: Cannot convert 'void *' to Python object



My environment is h5py v2.10.0 on Amazon Linux (version 2018.03), using a Python 3.7.6 environment installed via pyenv.  This is being done in a Docker container.

I'm using HDF5 v1.10.6 libraries, which I also compiled from scratch with the following configuration:

./configure \
       
--prefix=${INSTALL_PREFIX} \
       
--with-zlib=/usr/include,/lib64 \
        --enable-threadsafe \
        # --enable-unsupported required when building high-level libs with thread safety config
        --enable-unsupported \
        --with-pthread=/
usr/include,/lib64


I was able to compile h5py v2.10.0 (same version) successfully using the same approach as recently as 2 weeks ago with no issues, but it appears something has changed and I'm unsure what.  I have not intentionally changed any library versions since the last successful build, but something must have changed.

So far I'm stumped.  If anyone has info that could point me towards the culprit, it would be much appreciated!


Full build output below.


# pip install --no-binary=h5py h5py;
Collecting h5py
  Downloading h5py-2.10.0.tar.gz (301 kB)
     |████████████████████████████████| 301 kB 2.6 MB/s 
Collecting numpy>=1.7
  Downloading numpy-1.18.3-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl (20.2 MB)
     |████████████████████████████████| 20.2 MB 11.9 MB/s 
Collecting six
  Downloading six-1.14.0-py2.py3-none-any.whl (10 kB)
Installing collected packages: numpy, six, h5py
    Running setup.py install for h5py ... error
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
     command: /opt/.pyenv/versions/3.7.6/bin/python3.7 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-5n20p1b0/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /opt/.pyenv/versions/3.7.6/include/python3.7m/h5py                                                                                                                                                                       
         cwd: /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/                                                                                                                                                                                                    
    Complete output (512 lines):                                                                                                                                                                                                                 
    running install                                                                                                                                                                                                                              
    running build                                                                                                                                                                                                                                
    running build_py                                                                                                                                                                                                                             
    creating build                                                                                                                                                                                                                               
    creating build/lib.linux-x86_64-3.7                                                                                                                                                                                                          
    creating build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py                                                                                                                                                                                                     
    copying h5py/ipy_completer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py                                                                                                                                                                             
    copying h5py/highlevel.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py                                                                                                                                                                                 
    copying h5py/h5py_warnings.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py                                                                                                                                                                             
    copying h5py/version.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py                                                                                                                                                                                   
    copying h5py/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py                                                                                                                                                                                  
    creating build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                                                 
    copying h5py/_hl/dims.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                              
    copying h5py/_hl/files.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                             
    copying h5py/_hl/attrs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                             
    copying h5py/_hl/base.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                              
    copying h5py/_hl/vds.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                               
    copying h5py/_hl/selections.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                        
    copying h5py/_hl/datatype.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                          
    copying h5py/_hl/filters.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                           
    copying h5py/_hl/compat.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                            
    copying h5py/_hl/dataset.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                           
    copying h5py/_hl/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                          
    copying h5py/_hl/group.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                             
    copying h5py/_hl/selections2.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/_hl                                                                                                                                                                       
    creating build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                                               
    copying h5py/tests/test_h5t.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                      
    copying h5py/tests/test_attrs_data.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                               
    copying h5py/tests/test_dims_dimensionproxy.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                      
    copying h5py/tests/test_h5pl.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                     
    copying h5py/tests/test_dtype.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                    
    copying h5py/tests/test_datatype.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                 
    copying h5py/tests/test_h5.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                       
    copying h5py/tests/test_h5f.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                      
    copying h5py/tests/test_objects.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                  
    copying h5py/tests/test_h5p.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                      
    copying h5py/tests/test_group.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                    
    copying h5py/tests/test_dataset_swmr.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                             
    copying h5py/tests/test_dimension_scales.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                         
    copying h5py/tests/test_file_image.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                               
    copying h5py/tests/test_selections.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                               
    copying h5py/tests/test_base.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                     
    copying h5py/tests/test_completions.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                              
    copying h5py/tests/test_attribute_create.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                         
    copying h5py/tests/test_deprecation.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                              
    copying h5py/tests/test_file.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                     
    copying h5py/tests/test_slicing.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                  
    copying h5py/tests/test_threads.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                  
    copying h5py/tests/common.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                        
    copying h5py/tests/test_h5d_direct_chunk.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                         
    copying h5py/tests/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                      
    copying h5py/tests/test_dataset.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                  
    copying h5py/tests/test_attrs.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                    
    copying h5py/tests/test_file2.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                    
    copying h5py/tests/test_dataset_getitem.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                          
    copying h5py/tests/test_filters.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests                                                                                                                                                                  
    creating build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests/test_vds                                                                                                                                                                                      
    copying h5py/tests/test_vds/test_lowlevel_vds.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests/test_vds                                                                                                                                           
    copying h5py/tests/test_vds/test_virtual_source.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests/test_vds                                                                                                                                         
    copying h5py/tests/test_vds/test_highlevel_vds.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests/test_vds                                                                                                                                          
    copying h5py/tests/test_vds/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/h5py/tests/test_vds                                                                                                                                                    
    running build_ext                                                                                                                                                                                                                            
    ********************************************************************************                                                                                                                                                             
                           Summary of the h5py configuration                                                                                                                                                                                     
                                                                                                                                                                                                                                                 
        Path to HDF5: '/usr/local'                                                                                                                                                                                                               
        HDF5 Version: '1.10.6'                                                                                                                                                                                                                   
         MPI Enabled: False                                                                                                                                                                                                                      
    Rebuild Required: True                                                                                                                                                                                                                       
                                                                                                                                                                                                                                                 
    ********************************************************************************                                                                                                                                                             
    Executing api_gen rebuild of defs                                                                                                                                                                                                            
    Executing cythonize()                                                                                                                                                                                                                        
    [ 1/23] Cythonizing /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/h5py/_conv.pyx                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:418:2: 'H5D_layout_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:425:2: 'H5D_alloc_time_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:432:2: 'H5D_space_status_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:438:2: 'H5D_fill_time_t' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:444:2: 'H5D_fill_value_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:456:7: 'H5F_close_degree_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:462:2: 'H5FD_mem_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:560:2: 'H5T_cset_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:739:7: 'H5Z_EDC_t' redeclared                                                                                                                                                                               
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:419:4: 'H5D_LAYOUT_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:420:4: 'H5D_COMPACT' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:421:4: 'H5D_CONTIGUOUS' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:422:4: 'H5D_CHUNKED' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:423:4: 'H5D_NLAYOUTS' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:426:4: 'H5D_ALLOC_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:427:4: 'H5D_ALLOC_TIME_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:428:4: 'H5D_ALLOC_TIME_EARLY' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:429:4: 'H5D_ALLOC_TIME_LATE' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:430:4: 'H5D_ALLOC_TIME_INCR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:433:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:434:4: 'H5D_SPACE_STATUS_NOT_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:435:4: 'H5D_SPACE_STATUS_PART_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:436:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:439:4: 'H5D_FILL_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:440:4: 'H5D_FILL_TIME_ALLOC' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:441:4: 'H5D_FILL_TIME_NEVER' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:442:4: 'H5D_FILL_TIME_IFSET' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:445:4: 'H5D_FILL_VALUE_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:446:4: 'H5D_FILL_VALUE_UNDEFINED' redeclared                                                                                                                                                                
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:447:4: 'H5D_FILL_VALUE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:448:4: 'H5D_FILL_VALUE_USER_DEFINED' redeclared                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:457:4: 'H5F_CLOSE_WEAK' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:458:4: 'H5F_CLOSE_SEMI' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:459:4: 'H5F_CLOSE_STRONG' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:460:4: 'H5F_CLOSE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                       
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:463:4: 'H5FD_MEM_NOLIST' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:464:4: 'H5FD_MEM_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:465:4: 'H5FD_MEM_SUPER' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:466:4: 'H5FD_MEM_BTREE' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:467:4: 'H5FD_MEM_DRAW' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:468:4: 'H5FD_MEM_GHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:469:4: 'H5FD_MEM_LHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:470:4: 'H5FD_MEM_OHDR' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:471:4: 'H5FD_MEM_NTYPES' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:561:4: 'H5T_CSET_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:562:4: 'H5T_CSET_ASCII' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:705:2: 'H5Z_filter_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:740:6: 'H5Z_ERROR_EDC' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:741:6: 'H5Z_DISABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:742:6: 'H5Z_ENABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:743:6: 'H5Z_NO_EDC' redeclared                                                                                                                                                                              
    [ 2/23] Cythonizing /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/h5py/_errors.pyx                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:418:2: 'H5D_layout_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:425:2: 'H5D_alloc_time_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:432:2: 'H5D_space_status_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:438:2: 'H5D_fill_time_t' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:444:2: 'H5D_fill_value_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:456:7: 'H5F_close_degree_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:462:2: 'H5FD_mem_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:560:2: 'H5T_cset_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:739:7: 'H5Z_EDC_t' redeclared                                                                                                                                                                               
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:419:4: 'H5D_LAYOUT_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:420:4: 'H5D_COMPACT' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:421:4: 'H5D_CONTIGUOUS' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:422:4: 'H5D_CHUNKED' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:423:4: 'H5D_NLAYOUTS' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:426:4: 'H5D_ALLOC_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:427:4: 'H5D_ALLOC_TIME_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:428:4: 'H5D_ALLOC_TIME_EARLY' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:429:4: 'H5D_ALLOC_TIME_LATE' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:430:4: 'H5D_ALLOC_TIME_INCR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:433:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:434:4: 'H5D_SPACE_STATUS_NOT_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:435:4: 'H5D_SPACE_STATUS_PART_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:436:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:439:4: 'H5D_FILL_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:440:4: 'H5D_FILL_TIME_ALLOC' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:441:4: 'H5D_FILL_TIME_NEVER' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:442:4: 'H5D_FILL_TIME_IFSET' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:445:4: 'H5D_FILL_VALUE_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:446:4: 'H5D_FILL_VALUE_UNDEFINED' redeclared                                                                                                                                                                
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:447:4: 'H5D_FILL_VALUE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:448:4: 'H5D_FILL_VALUE_USER_DEFINED' redeclared                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:457:4: 'H5F_CLOSE_WEAK' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:458:4: 'H5F_CLOSE_SEMI' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:459:4: 'H5F_CLOSE_STRONG' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:460:4: 'H5F_CLOSE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                       
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:463:4: 'H5FD_MEM_NOLIST' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:464:4: 'H5FD_MEM_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:465:4: 'H5FD_MEM_SUPER' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:466:4: 'H5FD_MEM_BTREE' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:467:4: 'H5FD_MEM_DRAW' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:468:4: 'H5FD_MEM_GHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:469:4: 'H5FD_MEM_LHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:470:4: 'H5FD_MEM_OHDR' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:471:4: 'H5FD_MEM_NTYPES' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:561:4: 'H5T_CSET_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:562:4: 'H5T_CSET_ASCII' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:705:2: 'H5Z_filter_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:740:6: 'H5Z_ERROR_EDC' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:741:6: 'H5Z_DISABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:742:6: 'H5Z_ENABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:743:6: 'H5Z_NO_EDC' redeclared                                                                                                                                                                              
    [ 3/23] Cythonizing /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/h5py/_objects.pyx                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:418:2: 'H5D_layout_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:425:2: 'H5D_alloc_time_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:432:2: 'H5D_space_status_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:438:2: 'H5D_fill_time_t' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:444:2: 'H5D_fill_value_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:456:7: 'H5F_close_degree_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:462:2: 'H5FD_mem_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:560:2: 'H5T_cset_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:739:7: 'H5Z_EDC_t' redeclared                                                                                                                                                                               
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:419:4: 'H5D_LAYOUT_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:420:4: 'H5D_COMPACT' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:421:4: 'H5D_CONTIGUOUS' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:422:4: 'H5D_CHUNKED' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:423:4: 'H5D_NLAYOUTS' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:426:4: 'H5D_ALLOC_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:427:4: 'H5D_ALLOC_TIME_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:428:4: 'H5D_ALLOC_TIME_EARLY' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:429:4: 'H5D_ALLOC_TIME_LATE' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:430:4: 'H5D_ALLOC_TIME_INCR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:433:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:434:4: 'H5D_SPACE_STATUS_NOT_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:435:4: 'H5D_SPACE_STATUS_PART_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:436:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:439:4: 'H5D_FILL_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:440:4: 'H5D_FILL_TIME_ALLOC' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:441:4: 'H5D_FILL_TIME_NEVER' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:442:4: 'H5D_FILL_TIME_IFSET' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:445:4: 'H5D_FILL_VALUE_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:446:4: 'H5D_FILL_VALUE_UNDEFINED' redeclared                                                                                                                                                                
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:447:4: 'H5D_FILL_VALUE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:448:4: 'H5D_FILL_VALUE_USER_DEFINED' redeclared                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:457:4: 'H5F_CLOSE_WEAK' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:458:4: 'H5F_CLOSE_SEMI' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:459:4: 'H5F_CLOSE_STRONG' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:460:4: 'H5F_CLOSE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                       
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:463:4: 'H5FD_MEM_NOLIST' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:464:4: 'H5FD_MEM_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:465:4: 'H5FD_MEM_SUPER' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:466:4: 'H5FD_MEM_BTREE' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:467:4: 'H5FD_MEM_DRAW' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:468:4: 'H5FD_MEM_GHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:469:4: 'H5FD_MEM_LHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:470:4: 'H5FD_MEM_OHDR' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:471:4: 'H5FD_MEM_NTYPES' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:561:4: 'H5T_CSET_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:562:4: 'H5T_CSET_ASCII' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:705:2: 'H5Z_filter_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:740:6: 'H5Z_ERROR_EDC' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:741:6: 'H5Z_DISABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:742:6: 'H5Z_ENABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:743:6: 'H5Z_NO_EDC' redeclared                                                                                                                                                                              
    [ 4/23] Cythonizing /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/h5py/_proxy.pyx                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:418:2: 'H5D_layout_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:425:2: 'H5D_alloc_time_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:432:2: 'H5D_space_status_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:438:2: 'H5D_fill_time_t' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:444:2: 'H5D_fill_value_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:456:7: 'H5F_close_degree_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:462:2: 'H5FD_mem_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:560:2: 'H5T_cset_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:739:7: 'H5Z_EDC_t' redeclared                                                                                                                                                                               
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:419:4: 'H5D_LAYOUT_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:420:4: 'H5D_COMPACT' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:421:4: 'H5D_CONTIGUOUS' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:422:4: 'H5D_CHUNKED' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:423:4: 'H5D_NLAYOUTS' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:426:4: 'H5D_ALLOC_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:427:4: 'H5D_ALLOC_TIME_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:428:4: 'H5D_ALLOC_TIME_EARLY' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:429:4: 'H5D_ALLOC_TIME_LATE' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:430:4: 'H5D_ALLOC_TIME_INCR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:433:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:434:4: 'H5D_SPACE_STATUS_NOT_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:435:4: 'H5D_SPACE_STATUS_PART_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:436:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:439:4: 'H5D_FILL_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:440:4: 'H5D_FILL_TIME_ALLOC' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:441:4: 'H5D_FILL_TIME_NEVER' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:442:4: 'H5D_FILL_TIME_IFSET' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:445:4: 'H5D_FILL_VALUE_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:446:4: 'H5D_FILL_VALUE_UNDEFINED' redeclared                                                                                                                                                                
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:447:4: 'H5D_FILL_VALUE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:448:4: 'H5D_FILL_VALUE_USER_DEFINED' redeclared                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:457:4: 'H5F_CLOSE_WEAK' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:458:4: 'H5F_CLOSE_SEMI' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:459:4: 'H5F_CLOSE_STRONG' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:460:4: 'H5F_CLOSE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                       
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:463:4: 'H5FD_MEM_NOLIST' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:464:4: 'H5FD_MEM_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:465:4: 'H5FD_MEM_SUPER' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:466:4: 'H5FD_MEM_BTREE' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:467:4: 'H5FD_MEM_DRAW' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:468:4: 'H5FD_MEM_GHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:469:4: 'H5FD_MEM_LHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:470:4: 'H5FD_MEM_OHDR' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:471:4: 'H5FD_MEM_NTYPES' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:561:4: 'H5T_CSET_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:562:4: 'H5T_CSET_ASCII' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:705:2: 'H5Z_filter_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:740:6: 'H5Z_ERROR_EDC' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:741:6: 'H5Z_DISABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:742:6: 'H5Z_ENABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:743:6: 'H5Z_NO_EDC' redeclared                                                                                                                                                                              
    [ 5/23] Cythonizing /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/h5py/defs.pyx                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:418:2: 'H5D_layout_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:425:2: 'H5D_alloc_time_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:432:2: 'H5D_space_status_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:438:2: 'H5D_fill_time_t' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:444:2: 'H5D_fill_value_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:456:7: 'H5F_close_degree_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:462:2: 'H5FD_mem_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:560:2: 'H5T_cset_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:739:7: 'H5Z_EDC_t' redeclared                                                                                                                                                                               
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:419:4: 'H5D_LAYOUT_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:420:4: 'H5D_COMPACT' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:421:4: 'H5D_CONTIGUOUS' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:422:4: 'H5D_CHUNKED' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:423:4: 'H5D_NLAYOUTS' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:426:4: 'H5D_ALLOC_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:427:4: 'H5D_ALLOC_TIME_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:428:4: 'H5D_ALLOC_TIME_EARLY' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:429:4: 'H5D_ALLOC_TIME_LATE' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:430:4: 'H5D_ALLOC_TIME_INCR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:433:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:434:4: 'H5D_SPACE_STATUS_NOT_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:435:4: 'H5D_SPACE_STATUS_PART_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:436:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:439:4: 'H5D_FILL_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:440:4: 'H5D_FILL_TIME_ALLOC' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:441:4: 'H5D_FILL_TIME_NEVER' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:442:4: 'H5D_FILL_TIME_IFSET' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:445:4: 'H5D_FILL_VALUE_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:446:4: 'H5D_FILL_VALUE_UNDEFINED' redeclared                                                                                                                                                                
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:447:4: 'H5D_FILL_VALUE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:448:4: 'H5D_FILL_VALUE_USER_DEFINED' redeclared                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:457:4: 'H5F_CLOSE_WEAK' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:458:4: 'H5F_CLOSE_SEMI' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:459:4: 'H5F_CLOSE_STRONG' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:460:4: 'H5F_CLOSE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                       
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:463:4: 'H5FD_MEM_NOLIST' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:464:4: 'H5FD_MEM_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:465:4: 'H5FD_MEM_SUPER' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:466:4: 'H5FD_MEM_BTREE' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:467:4: 'H5FD_MEM_DRAW' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:468:4: 'H5FD_MEM_GHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:469:4: 'H5FD_MEM_LHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:470:4: 'H5FD_MEM_OHDR' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:471:4: 'H5FD_MEM_NTYPES' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:561:4: 'H5T_CSET_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:562:4: 'H5T_CSET_ASCII' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:705:2: 'H5Z_filter_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:740:6: 'H5Z_ERROR_EDC' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:741:6: 'H5Z_DISABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:742:6: 'H5Z_ENABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:743:6: 'H5Z_NO_EDC' redeclared                                                                                                                                                                              
    [ 6/23] Cythonizing /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/h5py/h5.pyx                                                                                                                                                                               
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:418:2: 'H5D_layout_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:425:2: 'H5D_alloc_time_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:432:2: 'H5D_space_status_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:438:2: 'H5D_fill_time_t' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:444:2: 'H5D_fill_value_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:456:7: 'H5F_close_degree_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:462:2: 'H5FD_mem_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:560:2: 'H5T_cset_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:739:7: 'H5Z_EDC_t' redeclared                                                                                                                                                                               
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:419:4: 'H5D_LAYOUT_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:420:4: 'H5D_COMPACT' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:421:4: 'H5D_CONTIGUOUS' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:422:4: 'H5D_CHUNKED' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:423:4: 'H5D_NLAYOUTS' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:426:4: 'H5D_ALLOC_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:427:4: 'H5D_ALLOC_TIME_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:428:4: 'H5D_ALLOC_TIME_EARLY' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:429:4: 'H5D_ALLOC_TIME_LATE' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:430:4: 'H5D_ALLOC_TIME_INCR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:433:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:434:4: 'H5D_SPACE_STATUS_NOT_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:435:4: 'H5D_SPACE_STATUS_PART_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:436:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:439:4: 'H5D_FILL_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:440:4: 'H5D_FILL_TIME_ALLOC' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:441:4: 'H5D_FILL_TIME_NEVER' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:442:4: 'H5D_FILL_TIME_IFSET' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:445:4: 'H5D_FILL_VALUE_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:446:4: 'H5D_FILL_VALUE_UNDEFINED' redeclared                                                                                                                                                                
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:447:4: 'H5D_FILL_VALUE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:448:4: 'H5D_FILL_VALUE_USER_DEFINED' redeclared                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:457:4: 'H5F_CLOSE_WEAK' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:458:4: 'H5F_CLOSE_SEMI' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:459:4: 'H5F_CLOSE_STRONG' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:460:4: 'H5F_CLOSE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                       
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:463:4: 'H5FD_MEM_NOLIST' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:464:4: 'H5FD_MEM_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:465:4: 'H5FD_MEM_SUPER' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:466:4: 'H5FD_MEM_BTREE' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:467:4: 'H5FD_MEM_DRAW' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:468:4: 'H5FD_MEM_GHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:469:4: 'H5FD_MEM_LHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:470:4: 'H5FD_MEM_OHDR' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:471:4: 'H5FD_MEM_NTYPES' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:561:4: 'H5T_CSET_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:562:4: 'H5T_CSET_ASCII' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:705:2: 'H5Z_filter_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:740:6: 'H5Z_ERROR_EDC' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:741:6: 'H5Z_DISABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:742:6: 'H5Z_ENABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:743:6: 'H5Z_NO_EDC' redeclared                                                                                                                                                                              
    [ 7/23] Cythonizing /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/h5py/h5a.pyx                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:418:2: 'H5D_layout_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:425:2: 'H5D_alloc_time_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:432:2: 'H5D_space_status_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:438:2: 'H5D_fill_time_t' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:444:2: 'H5D_fill_value_t' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:456:7: 'H5F_close_degree_t' redeclared                                                                                                                                                                      
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:462:2: 'H5FD_mem_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:560:2: 'H5T_cset_t' redeclared                                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:739:7: 'H5Z_EDC_t' redeclared                                                                                                                                                                               
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:419:4: 'H5D_LAYOUT_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:420:4: 'H5D_COMPACT' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:421:4: 'H5D_CONTIGUOUS' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:422:4: 'H5D_CHUNKED' redeclared                                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:423:4: 'H5D_NLAYOUTS' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:426:4: 'H5D_ALLOC_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:427:4: 'H5D_ALLOC_TIME_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:428:4: 'H5D_ALLOC_TIME_EARLY' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:429:4: 'H5D_ALLOC_TIME_LATE' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:430:4: 'H5D_ALLOC_TIME_INCR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:433:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:434:4: 'H5D_SPACE_STATUS_NOT_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:435:4: 'H5D_SPACE_STATUS_PART_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:436:4: 'H5D_SPACE_STATUS_ALLOCATED' redeclared                                                                                                                                                              
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:439:4: 'H5D_FILL_TIME_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:440:4: 'H5D_FILL_TIME_ALLOC' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:441:4: 'H5D_FILL_TIME_NEVER' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:442:4: 'H5D_FILL_TIME_IFSET' redeclared                                                                                                                                                                     
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:445:4: 'H5D_FILL_VALUE_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                    
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:446:4: 'H5D_FILL_VALUE_UNDEFINED' redeclared                                                                                                                                                                
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:447:4: 'H5D_FILL_VALUE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                  
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:448:4: 'H5D_FILL_VALUE_USER_DEFINED' redeclared                                                                                                                                                             
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:457:4: 'H5F_CLOSE_WEAK' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:458:4: 'H5F_CLOSE_SEMI' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:459:4: 'H5F_CLOSE_STRONG' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:460:4: 'H5F_CLOSE_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                       
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:463:4: 'H5FD_MEM_NOLIST' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:464:4: 'H5FD_MEM_DEFAULT' redeclared                                                                                                                                                                        
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:465:4: 'H5FD_MEM_SUPER' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:466:4: 'H5FD_MEM_BTREE' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:467:4: 'H5FD_MEM_DRAW' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:468:4: 'H5FD_MEM_GHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:469:4: 'H5FD_MEM_LHEAP' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:470:4: 'H5FD_MEM_OHDR' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:471:4: 'H5FD_MEM_NTYPES' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:561:4: 'H5T_CSET_ERROR' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:562:4: 'H5T_CSET_ASCII' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:705:2: 'H5Z_filter_t' redeclared                                                                                                                                                                            
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:740:6: 'H5Z_ERROR_EDC' redeclared                                                                                                                                                                           
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:741:6: 'H5Z_DISABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                         
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:742:6: 'H5Z_ENABLE_EDC' redeclared                                                                                                                                                                          
    warning: h5py/api_types_hdf5.pxd:743:6: 'H5Z_NO_EDC' redeclared                                                                                                                                                                              
    
    Error compiling Cython file:
    ------------------------------------------------------------
    ...
    
    
    # --- open, open_by_name, open_by_idx ---
    
    @with_phil
    def open(ObjectID loc not None, char* name=NULL, int index=-1, *,
                                   ^
    ------------------------------------------------------------
    
    h5py/h5a.pyx:54:32: Cannot convert 'void *' to Python object
    
    Error compiling Cython file:
    ------------------------------------------------------------
    ...
        """
        H5Arename_by_name(loc.id, obj_name, name, new_name, pdefault(lapl))
    
    
    @with_phil
    def delete(ObjectID loc not None, char* name=NULL, int index=-1, *,
                                     ^
    ------------------------------------------------------------
    
    h5py/h5a.pyx:122:34: Cannot convert 'void *' to Python object
    
    Error compiling Cython file:
    ------------------------------------------------------------
    ...
        def _hash(self):
            return hash((self.corder_valid, self.corder, self.cset, self.data_size))
    
    
    @with_phil
    def get_info(ObjectID loc not None, char* name=NULL, int index=-1, *,
                                       ^
    ------------------------------------------------------------
    
    h5py/h5a.pyx:184:36: Cannot convert 'void *' to Python object
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/setup.py", line 159, in <module>
        cmdclass = CMDCLASS,
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/site-packages/setuptools/__init__.py", line 145, in setup
        return distutils.core.setup(**attrs)
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/core.py", line 148, in setup
        dist.run_commands()
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/dist.py", line 966, in run_commands
        self.run_command(cmd)
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/dist.py", line 985, in run_command
        cmd_obj.run()
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/site-packages/setuptools/command/install.py", line 61, in run
        return orig.install.run(self)
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/command/install.py", line 545, in run
        self.run_command('build')
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/cmd.py", line 313, in run_command
        self.distribution.run_command(command)
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/dist.py", line 985, in run_command
        cmd_obj.run()
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/command/build.py", line 135, in run
        self.run_command(cmd_name)
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/cmd.py", line 313, in run_command
        self.distribution.run_command(command)
      File "/opt/.pyenv/versions/3.7.6/lib/python3.7/distutils/dist.py", line 985, in run_command
        cmd_obj.run()
      File "/tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/setup_build.py", line 209, in run
        language_level=2)
      File "/tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/.eggs/Cython-3.0a3-py3.7-linux-x86_64.egg/Cython/Build/Dependencies.py", line 1105, in cythonize
        cythonize_one(*args)
      File "/tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/.eggs/Cython-3.0a3-py3.7-linux-x86_64.egg/Cython/Build/Dependencies.py", line 1263, in cythonize_one
        raise CompileError(None, pyx_file)
    Cython.Compiler.Errors.CompileError: /tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/h5py/h5a.pyx
    ----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: /opt/.pyenv/versions/3.7.6/bin/python3.7 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-qgbhsiyy/h5py/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-5n20p1b0/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /opt/.pyenv/versions/3.7.6/include/python3.7m/h5py Check the logs for full command output.


Jason Greenlaw - NOAA Affiliate

unread,
Apr 29, 2020, 10:55:45 PM4/29/20
to h5py
And of course 10 minutes after I posted this, I found the GitHub issue about it:  https://github.com/h5py/h5py/issues/1533

So...nevermind!
...
Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages