[gzlug] linux下的科学计算
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
然后就是正文，
我想知道这里大概有多少朋友是需要做科学计算的呢？～
如果人多的话，有没有人准备就这个题目做一下分享呢？～
Bill Chen (CHEN Zhechuan)
Ma Xiaojun
> 先OT一下，到底发帖是否需要添加[gzlug]这个标签呢？～
发帖人不用加……像我看到你这篇就有……
> 然后就是正文，
> 我想知道这里大概有多少朋友是需要做科学计算的呢？～
> 如果人多的话，有没有人准备就这个题目做一下分享呢？～
不知道，我以前用Octave代替Matlab基本顺利……
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
> 然后就是正文，
> 我想知道这里大概有多少朋友是需要做科学计算的呢？～
> 如果人多的话，有没有人准备就这个题目做一下分享呢？～
不知道，我以前用Octave代替Matlab基本顺利……
谢谢
Jactry
先OT一下，到底发帖是否需要添加[gzlug]这个标签呢？～
然后就是正文，
我想知道这里大概有多少朋友是需要做科学计算的呢？～
如果人多的话，有没有人准备就这个题目做一下分享呢？～Best Regards,
Bill Chen (CHEN Zhechuan)
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Ma Xiaojun
目测没有，但是你说科学计算我想到的还是写代码那种……Simulink那种的，看到一个貌似有点意思的项目：
https://www.openmodelica.org/
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
学校没买版权，我自己要用的话，还要破解。。。
我好愧疚啊～～
Ma Xiaojun
> 没有的话，看样子，我还是要写PKGBUILD来装matlab了。。。
> 学校没买版权，我自己要用的话，还要破解。。。
> 我好愧疚啊～～
国外一般是学校会提供比较好的实验室让学生去用这些商业软件……当然我更希望大家能多用自由软件……国内没办法的话就算了，整个社会就是假设个人、学校用软件不需要付费……
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
所以，我现在尽量不用matlab，纯数值计算部分，我现在可知的有Octave，R等多种解决方案。问题是simulink类的，现在我所知道的只有scilab的解决方案，不完善，加上缺工具，语法和matlab类有出入，普及起来有难度。。。
Bill Chen (CHEN Zhechuan)
Qian Hong
> 所以，我现在尽量不用matlab，纯数值计算部分，我现在可知的有Octave，R等多种解决方案。问题是simulink类的，现在我所知道的只有scilab的解决方案，不完善，加上缺工具，语法和matlab类有出入，普及起来有难度。。。
我们学校据说购买了正版的matlab，Bill也可以考虑向领导反映一下。其实如果采购matlab能收到回扣的话，领导肯定是愿意干的。。。
Scilab 可以导入 matlab 的m文件进行转换，不过有一些地方需要手工调整或者补充缺失的函数，不知你试过没有，能不能满足你的需求？
Scilab有中文的邮件列表，基本上是‘版主’一个人在回答所有人的问题，但几乎每问必答。
https://groups.google.com/group/ade-scilab
大概两年前有开始有一家商业公司提供scilab相关的服务/培训/开发，有商业公司支持的开源项目一般会发展得比较好，所以我还是比较看好Scilab的。
http://www.scilab-enterprises.com/
--
Regards,
Qian Hong
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Sent from Ubuntu
http://www.ubuntu.com/
Ma Xiaojun
当然我相信Scilab本身没有什么问题，主要还是使用社区不够大的问题。
Matlab虽然不是自由软件，不过文档真心好，用Octave我都看Matlab的文档……
NIX
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Ma Xiaojun
> http://www.sagemath.org/ 希望有人用这个
看过，很多软件的组合而且基于Python。
基于Python我就一点可能不习惯，矩阵元素之间必须写逗号？
Ma Xiaojun
http://wiki.scilab.org/Matlab%20Toolboxes%20in%20Scilab
似乎无法替代的工具箱还有很多，而且有些看上去有替代的工具箱也不是Scilab核心组件，各方面不一定很完善……
Qian Hong
> 大概两年前有开始有一家商业公司提供scilab相关的服务/培训/开发，有商业公司支持的开源项目一般会发展得比较好，所以我还是比较看好Scilab的。
> http://www.scilab-enterprises.com/
我原来以为octave没有商业支持，现在看来不完全对，其实目前至少有一个开发者为octave提供商业支持，应该是一家一人公司，这位开发者是octave的创始人以及当前的主要维护者:
http://www.gnu.org/software/octave/commercial-support.html
http://jweaton.org/jwe.html
此外我搜到了有意思的事情，有一个叫做 ESA Summer of Code in Space 2012 (SOCIS 2012)
的活动，是欧洲航天局仿照Google summer of Code 举办的鼓励学生参与开源项目的夏令营，octave
就是其中的一个mentor项目。SOCIS是从2011年开始举办，实习生的奖金是4000欧元，合作开源项目的要求是对空间技术有用，我本想怂恿Wine项目的人去申请参与SOCIS的合作，但是想了半天没想出怎么忽悠别人Wine项目对空间技术有什么作用，不知在太空上通过Wine玩魔兽世界算不算。看了一下SOCIS的合作开源项目清单，很多都是我没听过的：
http://sophia.estec.esa.int/socis2012/?q=node/13
此外，SOCIS似乎只有欧洲的学生才能参加。
http://jordi.inversethought.com/blog/socis-2012-students/
http://sophia.estec.esa.int/socis2012/faq
这个意外收获让我想到一个问题：世界上还有多少类似GSoC的活动是我们没注意到的呢？
GSoC不仅培养了不少开源项目的新开发者，还启发了很多组织效仿创办类似活动，例如Gnome Women，SOCIS，我印象中还有KDE
Women，Debian Women，fedora women，其中有的是有计划有赞助的实习项目，有的则可能只是一个松散组织的社区。
此外，还有一些开源项目有自己的实习生计划，如果算上开源项目背后的商业公司提供的实习就更多了，不过非常零碎，而且不一定持续，比如有的公司今年有实习生计划，明年则未必有，例如我在mozilla的官网就曾看过招实习生的消息，但现在似乎没有。
这个帖子提到了一些： https://groups.google.com/forum/?fromgroups=#!topic/google-summer-of-code-discuss/PN_lwji6ZfM
类似summer of code，还有一个活动叫做season of usability，专注于改善用户体验：
http://openusability.org/index.php/sou/about-the-season
大家有时间可以一起帮忙来收集类似的实习项目整理起来，也许一整理就会发现其实机会很多。
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
此外我搜到了有意思的事情，有一个叫做 ESA Summer of Code in Space 2012 (SOCIS 2012)
的活动，是欧洲航天局仿照Google summer of Code 举办的鼓励学生参与开源项目的夏令营，octave
就是其中的一个mentor项目。SOCIS是从2011年开始举办，实习生的奖金是4000欧元，合作开源项目的要求是对空间技术有用，我本想
Qian Hong
如果你没欧洲签证，又不是欧洲学生，那可能你数学很好也申请不了欧洲航天局的这个项目 :)
GSoC反倒可以考虑，对签证/国籍等都没有要求。
不过我一直想不通Google以什么形式付款给学生才绕过法律问题？有了解的朋友解释一下吗？一般来说，一个美国公司应该是不能给一个没有美国签证的中国实习生付工资的，不然应该算是非法劳工了。
其实如果感兴趣，就算不隶属于任何summer of
code活动也可以去参加开源项目的，你去邮件列表潜水一段时间，然后自我介绍一下，说一下你自己的专业背景，并且告诉大家你想参加这个项目，希望能有一位志愿的导师带你入门，你说你想做志愿者，不要钱的，但也没钱给任何指导你的人，但是你很感激任何指导和建议，这样说还是会有人愿意帮忙的。不过，如果你的目的是完成自己的研究课题，而不是完成开源项目本身需要改进的地方，而你的研究课题对于改进开源项目本身没有直接帮助，上面的做法就不管用了。但即使这样，也不妨去这些开源项目的邮件列表潜水或者跟他人交流，可以遇到来自世界各地的同行，多好。
hiphen lee
我想知道这里大概有多少朋友是需要做科学计算的呢？～
如果人多的话，有没有人准备就这个题目做一下分享呢？～
Bill, 列表中的 @karazu kuro 是做科学计算研究的，好象是生物，最近他比较少在列表出没，也许你可以发信联系一下
另外小木虫是学术科研的大坛，也许你也知道吧，貌似有很多申请国外科研资源的讨论。http://emuch.net/
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Hiphen
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
karazu kuro的生物计算，涉及到的多数是数值计算。而我们做自动化做控制方面的，更多涉及到的模型的建立。
虽然最后一步都是绘图分析，但如果我们用一般数值计算的话，需要自己写的程序就太大了。。
所以，更希望使用一般的“流程框图”（如matlab里面的scilab套件）来实现。
Bill Chen (CHEN Zhechuan)
Ma Xiaojun
> 虽然最后一步都是绘图分析，但如果我们用一般数值计算的话，需要自己写的程序就太大了。。
> 所以，更希望使用一般的“流程框图”（如matlab里面的scilab套件）来实现。
Simulink吧……
Qingping Hou
> 不过我一直想不通Google以什么形式付款给学生才绕过法律问题？有了解的朋友解释一下吗？一般来说，一个美国公司应该是不能给一个没有美国签证的中国实习生付工资的，不然应该算是非法劳工了。
>
如果当工资给的话确实是非法的，如果当奖金的不算了吧 ;P
karazu kuro
Bill说的对。我主要用作数值运算，因为涉及算法的修改所以读源码先摸透流程，然后自己设计思路写一份程序出来。要用到simulink的话比较麻烦，因为它是整个可建模的可视化套件，也是Matlab的特色之一，Octave虽然有很多套件的开发，不过暂时好像没有simulink的全套替代品。如果实在不想遇到版权问题可以参考我的做法，但如果要用到很多模型工具的话这个工程量会很大。不过如果不是急迫需要的话我不推荐课题组买版权或者套件，因为学校已经基本敲定要买了（学校用到的人太多了）。
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
Bill Chen (CHEN Zhechuan)
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
我们学校数学院某个课题组是购买了正版的matlab没错，版本我记得是可怜的6.5左右，版权使用问题没有怎样关心过；高性能集群打算买Matlab及部分套件，调查过后很久也没有下文了，估计资金还没到位暂不指望。
Bill说的对。我主要用作数值运算，因为涉及算法的修改所以读源码先摸透流程，然后自己设计思路写一份程序出来。要用到simulink的话比较麻烦，因为它是整个可建模的可视化套件，也是Matlab的特色之一，Octave虽然有很多套件的开发，不过暂时好像没有simulink的全套替代品。如果实在不想遇到版权问题可以参考我的做法，但如果要用到很多模型工具的话这个工程量会很大。不过如果不是急迫需要的话我不推荐课题组买版权或者套件，因为学校已经基本敲定要买了（学校用到的人太多了）。
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如果是可建模的，不一定需要可视化的套件，octave下有没有推荐的呢？对于octave/matlab，我都还是新手，所以需要请教下。主要是不想写一大段一大段代码，纯粹为了建立一个简单的PID控制器（纯粹举例，这个一定是最简单的控制器）。
另外，我刚才在这个话题里面认真看了下，还没见到karazu kuro的发言（除了这次），所以，想请问下，你提到*你们的做法*，具体是指什么呢？谢谢。
karazu kuro
我才发现，我之前回复给ma xiaojun的那封邮件里面有个错字。大概意思就是，现在做得比较像matlab里面simulink套件的，只有scilab里面的xcos套件。不过，这个项目最近发展得虽然迅速，但由于scilab和matlab里面的语法有一定出入，所以，要迁移的话，工作量会有点大。
如果是可建模的，不一定需要可视化的套件，octave下有没有推荐的呢？对于octave/matlab，我都还是新手，所以需要请教下。主要是不想写一大段一大段代码，纯粹为了建立一个简单的PID控制器（纯粹举例，这个一定是最简单的控制器）。
octave已经包含很多关于控制系统的函数。matlab的simulink其实就只是提供这些函数的接口和可视化功能，举例如simulink可以使用人工神经网络建模，但其实matlab/octave就是调用一下函数的事情，就是作图有点麻烦而已。
另外，我刚才在这个话题里面认真看了下，还没见到karazu kuro的发言（除了这次），所以，想请问下，你提到*你们的做法*，具体是指什么呢？谢谢。
"你们的做法"加了双引号但是我没有在我写的原文中找到。我的做法不一定适合你，因为我连函数也拆出来重新写一份用了，一般情况下是不需要的。octave/matlab的代码写起来不难，如果涉及的函数不多即使是重新写工作量还是可以接受的，但无论如何搞懂项目的流程是必要的。
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
octave已经包含很多关于控制系统的函数。matlab的simulink其实就只是提供这些函数的接口和可视化功能，举例如simulink可以使用人工神经网络建模，但其实matlab/octave就是调用一下函数的事情，就是作图有点麻烦而已。
"你们的做法"加了双引号但是我没有在我写的原文中找到。我的做法不一定适合你，因为我连函数也拆出来重新写一份用了，一般情况下是不需要的。octave/matlab的代码写起来不难，如果涉及的函数不多即使是重新写工作量还是可以接受的，但无论如何搞懂项目的流程是必要的。
我大概明白你的意思了。scilab里面有没合适的函数接口来修改，这点我还没认真去看过。我当时的使用也是浅尝则止，实在惭愧。
作图的麻烦，暂时没经历，不过，马上就要遇到了，所以，马上就会有体验的了。
“你的做法”有一定的借鉴意义。因为我做的这个算法，matlab/octave上纯粹就是仿真验算是否可行，然后要用c来重写，放到工控机上使用的。所以，我有部分场合，也可能需要翻看octave的代码来学习下。
再次感谢karazu kuro同学。
Bill Chen (CHEN, Zhechuan)
Kin Leung
需要Origin的試試Qtiplot
Zhanrui Liang
这个应该不成问题吧. numpy已经可以这样了: numpy.mat("[1 2 3; 4 5 6]")
yi lu
王泽龙
python科学计算，看目录就列举了不少工具