[gut] dessiner des molécules

27 views
Skip to first unread message

martine arrou-vignod

unread,
Jul 13, 2016, 4:04:35 AM7/13/16
to liste Gut, c...@formav.fr


Bonjour
Je cherche un package pour dessiner facilement des molécules de ce type ici H_2O



Cette figure a été faite en tikz
            \begin{tikzpicture}[>=latex,scale=0.7]
            \shade[ball color=red!10!] (0,0) coordinate(Hp) circle (0.9) ;
            \shade[ball color=gray!10!] (2,-1.53) coordinate(O) circle (1.62) ;
            \shade[ball color=red!10!] (4,0) coordinate(Hm) circle (0.9) ;
            \draw (0,0.2) node[left]{H$^+$} ;
            \draw (4,0.2) node[right]{H$^-$} ;
            \draw (2,-1.63) node[below]{O$^{2-}$} ;
             \end{tikzpicture}


Je voudrais trouver un package (s'il existe ) qui me dessine la molécule en entrant juste  le nom de la molécule
Si vous connaissez ce package miracle merci d'avance
Bonne journée

--

  

Martine Arrou-Vignod
Ingénieur et Agrégée de Mathématiques 
Directrice de FORMAV
01.47.09.22.75 
07.83.35.85.96 
FORMAV votre partenaire formation
www.formav.eu

  

  



Avast logo

L'absence de virus dans ce courrier électronique a été vérifiée par le logiciel antivirus Avast.
www.avast.com


Yoann LE BARS

unread,
Jul 13, 2016, 5:14:02 AM7/13/16
to g...@ens.fr

Salut à tous !

Le 13/07/2016 à 10:03, martine arrou-vignod a écrit :
> Je voudrais trouver un package (s'il existe ) qui me dessine la molécule
> en entrant juste le nom de la molécule
> Si vous connaissez ce package miracle merci d'avance

Dessiner une molécule simplement depuis son nom impliquerait que le
paquet disposerait d’une liste exhaustive des molécules existantes. Je
ne pense pas que ce soit possible.

En revanche, il existe des paquets permettant de tracer efficacement
des molécules :

http://bioinfo-fr.net/dessiner-des-molecules-avec-latex

https://fr.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Dessiner_avec_LaTeX/Dessiner_des_mol%C3%A9cules

À bientôt.

--
Yoann LE BARS
http://le-bars.net/yoann/
Diaspora* : yle...@framasphere.org

martine arrou-vignod

unread,
Jul 13, 2016, 10:17:54 AM7/13/16
to g...@ens.fr, c...@formav.fr

Bonjour

merci pour cette réponse , je connais ces packages mais ça ne me donne pas la représentation de la molécule sous forme de plusieurs boules accolées , une pour O, une pour H ....

C'est pour faire des illustrations

A suivre



  

Martine Arrou-Vignod
Ingénieur et Agrégée de Mathématiques 
Directrice de FORMAV
01.47.09.22.75 
07.83.35.85.96 
FORMAV votre partenaire formation
www.formav.eu

  

  

Le 13/07/2016 à 10:57, Yoann LE BARS a écrit :
	Salut à tous !

Le 13/07/2016 à 10:03, martine arrou-vignod a écrit :

Je voudrais trouver un package (s'il existe ) qui me dessine la molécule
en entrant juste  le nom de la molécule
Si vous connaissez ce package miracle merci d'avance

	Dessiner une molécule simplement depuis son nom impliquerait que le
paquet disposerait d’une liste exhaustive des molécules existantes. Je
ne pense pas que ce soit possible.

	En revanche, il existe des paquets permettant de tracer efficacement
des molécules :

http://bioinfo-fr.net/dessiner-des-molecules-avec-latex

https://fr.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Dessiner_avec_LaTeX/Dessiner_des_mol%C3%A9cules

	À bientôt.



René FRITZ

unread,
Jul 13, 2016, 11:46:42 AM7/13/16
to g...@ens.fr, martine.ar...@formav.fr
Bonsoir,

Il existe un logiciel en Java qui permet d’obtenir toutes molécules en 3D avec les vraies distances entre atome. C’est Jmol : http://sourceforge.net/projects/jmol/files/

On peut faire tourner les molécules et entrer une foule de données !

martine arrou-vignod

unread,
Jul 18, 2016, 3:51:01 AM7/18/16
to c...@formav.fr

Bonjour à tous

Merci pour vos réponses

L'erreur sur le signe du H était une erreur de frappe

En fait je veux juste faire des dessins de molécules sous forme "spatiale" pour illustrer un module d'e-learning sur l'effet de serre , je n'ai pas beaucoup de molécules à représenter H20, CO2, CH4, NO2  ...

Après quand je rentrerai dans des explications plus chimiques je n'aurai plus besoin de la forme "spatiale" des molécules

Je vais regarder tous vos conseils attentivement

Merci à tous

Bonne journée



  

Martine Arrou-Vignod
Ingénieur et Agrégée de Mathématiques 
Directrice de FORMAV
01.47.09.22.75 
07.83.35.85.96 
FORMAV votre partenaire formation
www.formav.eu

  

  

Le 14/07/2016 à 18:41, Guilhem Bourrié a écrit :

Bonjour,

il y a une erreur de signe sur l’hydrogène de droite : H- au lieu de H+.

Sur le fond, le partage des charges dans la molécule d’eau n’est pas si simple,
et il existe plusieurs modèles de la molécule d’eau isolée, en phase gazeuse.
Pour un niveau élémentaire, à titre d’illustration, il me paraît préférable de ne pas indiquer de charge électrique sur les atomes.

La charge portée par l’oxygène est voisine de -2/3 et les charges portées par chacun des hydrogènes de +1/3.
C’est ce qu’on obtient par un calcul simple, de physique classique, à partir du moment dipolaire de la molécule d’eau isolée en phase gazeuse.

Voir: F. Martin and H. Zipse, Charge distribution in the water molecule - A comparison of methods, J. Comput. Chem.26 (2005) 97-105. 

cité par Martin Chaplin sur son site Water Science and Structure.


Ci-après un extrait du chapitre que je rédige en vue de la publication d’un livre que je coordonne 
sur « Le sol et l’eau ».

\emph{En suivant les règles de la physique classique}, d'après la longueur
O-H et l'angle $\alpha = \ang{104,52}$, la distance entre l'atome
d'oxygène et le barycentre des charges +, c'est-à-dire le milieu des
deux atomes d'hydrogène est: $d = 0,9572 \cos \frac{\alpha}{2} =
\SI{0,586}{\AA}$. Le moment dipolaire est le produit de la
charge par la distance.  En multipliant le moment dipolaire par le
facteur de conversion (\num{0,20819434}) et en divisant par la
distance $l$, on obtient: $q= \frac{1,856\times 0,20819434}{0,586} =
\SI{0.66}{e}$. L'atome d'oxygène porte une charge d'environ -2/3 de la
charge élémentaire de l'électron, et chacun des atomes d'hydrogène
+1/3.\\
Bien sûr, ce calcul n'est pas juste, puisque ce sont les règles de la
chimie quantique qui s'appliquent !

[…]
En réalité, le moment dipolaire de l'eau augmente de 40 à 50\% quand
on passe de la molécule d'eau isolée (phase gazeuse) (\SI{1.85}{D}) à l'eau liquide
(\SI{2.95(20)}{D} at \SI{27}{\celsius}) ou à la glace Ih
(\SI{3.09}{D}), par suite de la polarisation de la molécule d'eau,
c'est-à-dire du déplacement des charges + et - sous l'effet du champ
des molécules environnantes. Il y a un effet coopératif des liaisons
hydrogène. La formation d'une liaison hydrogène affaiblit et allonge
la liaison O-H du donneur, ce dont le modèle de sphères rigides ne
rend pas compte.

Moyennant quoi, votre illustration est très parlante, et avec les ombrages.


Pour représenter la molécule, j’ai utilisé chemfig.

Ci-joint le fichier.



et le résultat:





Il permet d’utiliser l’instruction \Lewis pour représenter un doublet électronique libre.
Mais en réalité, il n’y a qu’un seul doublet électronique libre sur l’oxygène.

Pour un niveau plus élevé, j’utilise tikzorbitals pour représenter les orbitales atomiques et moléculaires.
Il ya aussi le package modiagram.

Bien cordialement,

Guilhem Bourrié




Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages